De 22. november 2005, kunngjør forsiden av den britiske avisen Daily Mirror at et "hemmelig memorandum" fra Downing Street indikerer at statsminister Tony Blair ville ha frarådet president George W. Bush fra å bombe Al Jazeera- studioene i Doha . Tre britiske dagblader sier at de har blitt truet med påtale hvis de offentliggjør detaljene i en konfidensiell samtale der George W. Bush skal ha reist med Tony Blair sitt ønske om å bombe TV-stasjonen Al-Jazeera. De berørte regjeringene har benektet denne påstanden.
I 2001 , under invasjonen av Afghanistan, ble lokalene til al-Jazeera-kanalen i Bagdad bombet av den amerikanske hæren. Under Irak-krigen i 2003 døde en journalist fra Tarik Ayoub- kanalen etter bombingen av kanalens lokaler i Bagdad .