Den karyotype (eller karyogram ) er standard arrangement av alle kromosomene i en celle, som er tatt fra et mikroskopisk bilde. Kromosomene er fotografert og ordnet i standardformat: parvis og sortert etter størrelse og etter sentromerens plassering . Karyotyper lages for å oppdage kromosomavvik (for eksempel trisomi 21 ) eller for å identifisere visse aspekter av individets genom , for eksempel kjønn (XX eller XY). Merk at en karyotype er i form av et fotografi.
Etter en prøve fra individet dyrkes celler (ofte lymfocytter oppnådd ved en blodprøve) in vitro . Kulturen bringes deretter i kontakt med kolchicin som forstyrrer de mitotiske spindlene og blokkerer cellene i metafasen av mitose . Cellene i mitose høstes deretter, de får svulmer ved inkubasjon i et hypotonisk medium ; de plasseres deretter i nærvær av et fikseringsmiddel, og cellesuspensjonen festet på et glass lysbilde spres for mikroskopisk observasjon, dette kalles kromosomspredning .
Dette preparatet farges deretter. Den mest klassiske fargingen er Giemsa-farging, som etter påføring av en passende behandling fører til at mørke og lyse bånd veksler på kromosomene: "G-banding". Båndens topografi er karakteristisk for et kromosom og gjør det mulig å identifisere det (de to kromosomene av samme par har samme topografi av bånd). Det finnes også andre fargemetoder som får andre typer band til å vises (Q-Banding, R-Banding, etc.). Noen av disse metodene bruker fluorescerende fargestoffer .
FISH teknikk, som ikke må forveksles med de som er nevnt ovenfor, bruker-spesifikke prober for bestemte nukleotid- sekvenser , og ikke fargestoffer som binder seg til alle kromosomer.
DNA- sekvenser som er komplementære til sekvensen til et gen eller en del av genomet, blir fremstilt in vitro og koblet til fluorokromer . Denne sonden så vel som kromosomene blir oppvarmet, noe som har effekten av å dissosiere de komplementære strengene ( termisk denaturering ). De bringes deretter sammen og får avkjøles. På denne måten kan den ( fluorescerende ) sonden pares med sin homologe sekvens på kromosomet. Vi får derfor et hybrid DNA. Dette gjør det mulig å lokalisere, ved hjelp av et fluorescensmikroskop , posisjonen til et gen eller en genomisk sekvens på karyotypen, og derfor å demonstrere for eksempel en unormal posisjon på grunn av en translokasjon.
I denne nye teknikken hybridiseres forskjellige prober, hver spesifikke for et enkelt hele kromosom, og merket med varierende proporsjoner av fem forskjellige fluorokromer med kromosomene. Dette gir en karakteristisk spektral signatur til hvert par kromosomer (dvs. forskjellige farger på grunn av de forskjellige proporsjoner av fluorokrom på hvert kromosom).
Indikasjoner for å utføre en karyotype: