Genetisk markør

Den genetiske markøren er et gen eller en polymorf DNA- sekvens som lett kan påvises av et kjent sted på et kromosom . Den kan brukes i genetisk kartlegging for å "merke" genomet og identifisere individer eller arter.

Den genetiske markøren kan beskrives som en variasjon (som kan oppstå på grunn av mutasjon eller endring av genomiske loci ) som kan observeres. En genetisk markør kan være en kort DNA-sekvens, slik som en sekvens rundt et enkelt basepar (enkel nukleotidpolymorfisme, SNP ), eller gjentatte sekvenser ( VNTR ), slik som minisatellitter .

Fram til 1980 var genetiske markører morfologiske fordi de bare var basert på polymorfe gener kartlagt fra analysen av fenotyper . Ny bioteknologi ( PCR, etc.) tillater direkte analyse av polymorfismen av DNA-sekvenser for å tegne et genetisk kart ( molekylære markører - direkte DNA - eller biokjemisk).

Typer markører

Det er forskjellige typer markører:

• RFLP , begrensningsfragmentlengde polymorfisme,
• AFLP , Amplified Fragment Length Polymorphism
• SSLP , enkel sekvenslengde polymorfisme
• RAPD , tilfeldig amplifikasjon av polymorf DNA
• SNP , nukleotid polymorfisme,
• SSCP , Single-strand conformational polymorphism
• EST , uttrykt sekvensmarkør,
• CNV , variasjon av antall eksemplarer,
• VNTR , gjentatt sekvens
  • SSR (enkel sekvensrepetisjon) eller mikrosatellittpolymorfisme ,
  • minisatellitt ,
  • STS , sekvensmerket nettsted

Kjennetegn

I følge Bretting og Widrlechner (1995) er de ideelle forholdene for en genetisk markør:

• være polymorf for å være i stand til enkelt å skille mellom individer eller linjer;
• være relativt "nøytral", både når det gjelder verdien av det studerte trekket, og av den selektive verdien  ;
• være kodominant , for å skille heterozygoter fra homozygoter  ;
• være en enkel arvelig Mendelian-egenskap ;
• ikke være pleiotropisk eller epistatisk  ;
• være spredt langs genomet;
• ikke være knyttet til en annen markør;
• være stabil, uavhengig av utviklingsstadiet;
• ikke har noen innvirkning på vekst eller seksuell reproduksjon;
• være lett observerbar, uten mulig tvetydighet;
• være billig;

Klassifisering av markører

De kan klassifiseres i tre grupper, avhengig av om de avslører:

• den codominance eller dominant allel
• polymorfisme av sekvenser eller gjenta enheter
• et lokus , en bestemt region eller hele regioner ( genetisk profil , mettede genetiske kart ).

Merknader og referanser

1. Daniel Prat & al, genomanalyse og forvaltning av skoggenetiske ressurser [ les online ] , s. 73-74, red. Quae, 2006, 456 s. ( ISBN  2738012272 ) .
2. D. De Vienne og S. Santoni , "  Hovedkildene til molekylære markører  ", Molecular markører i genetikk ,1998, s.  49-79

Ikke forveksles

• Markørgen , som fungerer som en kontroll for genetisk transformasjon,
• Biologisk markør , vitne til økologiske forstyrrelser,