OVERFAMILIE

SUPER er et bioinformatikk database for strukturelle og funksjonelle egenskaper til proteiner og genomer . Den klassifiserer sekvensene av aminosyrer basert på kjente strukturelle domener, spesielt plassering av dem i superfamiliene SCOP . En superfamilie er en gruppe proteiner som deler et sett med elementer som støtter ideen om evolusjon fra en felles forfader uten nødvendigvis å vise påviselig sekvensiell homologi.

Merknader og referanser

  1. (in) Derek Wilson, Ralph Pethica, Yiduo Zhou, Charles Talbot, Christine Vogel, Martin Madera, Cyrus Chothia og Julian Gough , "  superfamily-sofistikert komparativ genomikk, data mining, visualisering og fylogeni  " , Nucleic Acids Research , Vol.  37, n o  Supplement 1, januar 2009, D380-D386 ( PMID  19036790 , PMCID  2686452 , DOI  10.1093 / nar / gkn762 , les online )
  2. (i) Martin Madera, Christine Vogel, Sarah K. Kummerfeld, Cyrus Chothia og Julian Gough , "  Den superfamiliedatabasen i 2004, tillegg og forbedringer  " , Nucleic Acids Research , Vol.  32, n o  Supplement 1, januar 2004, D235-D239 ( PMID  14681402 , PMCID  308851 , DOI  10.1093 / nar / gkh117 , les online )
  3. (in) Derek Wilson, Martin Madera, Christine Vogel, Cyrus Chothia og Julian Gough , "  Superfamily database in 2007: families and functions  " , Nucleic Acids Research , Vol.  35, n o  Supplement 1, januar 2007, D308-D313 ( PMID  17098927 , PMCID  1669749 , DOI  10.1093 / nar / gkl910 , les online )
  4. (in) Julian Gough , "  The superfamily database in structural genomics  " , Acta Crystallographica Section D , vol.  58, n o  Pt 11, November 2002, s.  1897-1900 ( PMID  12393919 , DOI  10.1107 / S0907444902015160 , les online )
  5. (no) Julian Gough og Cyrus Chothia , "  superfamilie: HMM som representerer alle proteiner med kjent struktur. SCOP sekvenssøk, justeringer og genomoppdrag  ” , Nucleic Acids Research , vol.  30, n o  1, januar 2002, s.  268-272 ( PMID  11752312 , PMCID  99153 , DOI  10.1093 / nar / 30.1.268 , les online )
  6. (i) David A. Lima Morais, Hai Fang, Owen JL Rackham, Derek Wilson, Ralph Pethica Cyrus Chothia og Julian Gough , "  superfamily 1,75 comprenant un domain-centric gen ontology method  " , Nucleic Acids Research , Vol.  39, n o  Supplement 1, januar 2011, D427-D434 ( PMID  21062816 , PMCID  3013712 , DOI  10.1093 / nar / gkq1130 , les online )
  7. (in) Matt E. Oates, Jonathan Stahlhacke Dimitrios V. Vavoulis Ben Smithers, Owen JL Rackham, Adam J. Sardar Jan Zaucha Natalie Thurlby, Hai Fang and Julian Gough , "  The superfamily 1.75 database in 2014 has doubling of data  " , Nucleic Acids Research , vol.  43, n o  D1, januar 2015, D227-D233 ( PMID  25414345 , PMCID  4383889 , DOI  10.1093 / nar / gku1041 , les online )
  8. (in) Tim Hubbard JP Bart Ailey, Steven E. Brenner, Alexey G. Murzin og Cyrus Chothia , "  SCOP: a Structural Classification of Proteins database  " , Nucleic Acids Research , Vol.  27 n o  1, Januar 1999, s.  254-256 ( PMID  9847194 , PMCID  148149 , DOI  10.1093 / nar / 27.1.254 , les online )
  9. (i) Antonina Andreeva, Dave Howorth, Steven E. Brenner, Tim Hubbard JP Cyrus Chothia og Alexey G. Murzin , "  SCOP-database i 2004 Forbedringer integrerer datastruktur og sekvensfamilie  " , Nucleic Acids Research , Vol.  32, n o  Supplement 1, januar 2004, D226-D229 ( PMID  14681400 , PMCID  308773 , DOI  10.1093 / nar / gkh039 , les online )
  10. (en) MO Dayhoff, McLaughlin PJ, WC Barker og Hunt LT , "  Evolution of proteinsekvenser innen superfamilier  " , Naturwissenschaften , vol.  62, n o  4, April 1975, s.  154-161 ( DOI  10.1007 / BF00608697 , Bibcode  1975NW ..... 62..154D , les online )

Vedlegg