Den Manila Accord ble inngått etter initiativ fra presidenten i Filippinene Diosdado Macapagal på31. juli 1963av Federation of Malaysia , Republic of Indonesia og Republic of the Philippines , etter et møte holdt fra 7 til11. juni 1963i Manila . Den tar sikte på å ta hensyn til folket i Nord-Borneo (nylig Sabah og Labuan ) og Sarawak ved anvendelse av prinsipp 9 i vedlegget til FNs resolusjon 1541 (XV) om selvbestemmelsesprinsippet gjennom organisering av gratis valg i Sabah og Sarawak .
Den inneholder en rekke avtaler mellom Federation of Malaysia, Republic of Indonesia og Republic of Philippines samt en felles erklæring fra disse tre landene.