Brett den
Brett den
| Språk |
Engelsk, russisk, fransk |
|---|
Foldit (bokstavelig talt "Fold it", som antyder "fold proteinet") er eteksperimentelt videospill om proteinfolding , utviklet i samarbeid mellom Institutt for datavitenskap og biokjemi ved University of Washington . Den beta-versjonen ble utgitt iMai 2008. Spillere prøver å løse et problem som datamaskiner ikke kan løse. Menneskelig versjon av Rosetta @ home og utviklet av samme team, bruker Foldit sistnevntes algoritmer, spesielt for energiberegning av proteiner. Mange gåter som Foldit- spillere tilbyr, er også basert på prognoser beregnet av Rosetta. Et annet eksempel på et spill som dette er spillet ESP (in) .
Mål
Den prosessen som levende ting skape den primære struktur av proteiner, protein -biosyntese , er ganske godt forstått. Imidlertid er det vanskeligere å bestemme hvordan den primære strukturen til et protein blir til en tredimensjonal struktur, det vil si hvordan molekylet "bretter seg". Den generelle prosessen er kjent, men prediksjon av proteinstrukturer er en komplisert beregning.
Foldit prøver å bruke den menneskelige hjernens naturlige evner til å løse disse problemene. De nåværende gåtene er basert på proteiner som allerede er forstått; Det er ved å analysere hvordan mennesker nærmer seg disse oppgavene at forskerne håper å forbedre algoritmene som brukes av proteinfoldingsprogramvare.
Metode
Foldit gir en serie veiledninger der brukeren manipulerer proteinstrukturer. Applikasjonen viser en grafisk fremstilling av proteinstrukturen, og brukeren kan deretter manipulere den ved hjelp av et sett med verktøy. Når strukturen endres, beregnes en "score" som tilsvarer energinivået til proteinet basert på hvordan det brettes. En liste over de beste poengene for hvert puslespill blir registrert. Spillere kan automatisere visse oppgaver ved hjelp av skript kjent som "oppskrifter". Disse skriptene, skrevet i Lua, var gjenstand for en publikasjon av Foldit- teamet i tidsskriftet PNAS , og noen av algoritmene som ble foreslått av disse oppskriftene, oppnådde effektivitet nær profesjonelle algoritmer.
Resultater
Blokkert i mer enn 10 år av kompleksiteten av den retrovirale proteasen til M-PMV-viruset ( Mason-Pfizer monkey virus ), kunne forskerne ikke finne den tredimensjonale strukturen. Denne strukturen er viktig for å identifisere potensielle nettsteder som legemiddelproteiner kan målrette mot. Deretter bestemte de seg for å gå gjennom Foldit, og etter bare tre uker publiserer tidsskriftet Nature Structural & Molecular Biology enzymets 3D-struktur, med henvisning til "spillerne" som deltok i oppdagelsen som medforfattere. Nå kan biologer begynne å lete etter molekyler (proteiner) som er i stand til å hemme denne proteasen. Hvis et slikt molekyl blir funnet, vil reproduksjon av HIV forhindres og infeksjon stoppes.
Se også
Intern lenke
Eksterne linker
Merknader og referanser
-
(no) Algoritmeoppdagelse av proteinfoldende spillere
-
AFP og natur
