De replikasjonsgaffelen er en transformasjon av den form av DNA . Den DNA som vanligvis tar form av to tråder tvunnet dobbeltspiralen, men i løpet av replikasjonen, forandrer dette skjemaet dramatisk. Faktisk begynner replikering takket være en eller flere replikasjonsopprinnelser som er spesifikke nukleotidsekvenser som gjenkjennes av replikasjonsproteiner. Disse proteinene vil feste seg til opprinnelsen til replikasjon og skille de to DNA-strengene som vil danne et replikasjons "øye". Men andre enzymer er involvert på dette tidspunktet, helikasene . Disse enzymene vil feste seg til endene av det replikerende øyet og begynne å koble av DNA og løsne de to strengene, slik at det replikerende øyet kan forstørres. Ved å gjøre dette vil helikases transformere spissene på de replikerende øynene til en Y-form, kalt replikasjonsgafler.