Den MetaCyc databasen inneholder mye informasjon om stoffskiftet og enzymer av mange levende ting: strukturen av enzymer, kofaktorer, aktivatorer og hemmere, substratspesifisiteter, og, i noen tilfeller, kinetiske konstanter. Det gir også kommentarer og referanser i litteraturen. MetaCyc samler hovedsakelig eksperimentelle data om metabolske veier.
MetaCyc brukes som et referansedatasett for å forutsi metabolismen av levende ting basert på sekvenseringen av deres genom ; dette har vært tilfelle med hundrevis av organismer, inkludert de i BioCyc Database Collection .