Den kroniske , det vil si utviklingen av bivirkninger fra langvarig eksponering for en forurensning eller annen faktor stress er et viktig aspekt i akvatisk toksikologi. De skadelige effektene forbundet med denne toksisiteten kan være direkte dødelige, men er oftere bare dødelige. disse inkluderer endringer i vekst, reproduksjon eller atferd. Kronisk toksisitet er i motsetning til akutt toksisitet, som oppstår over en kortere periode og i høyere konsentrasjoner. Ulike toksisitetstester kan utføres for å vurdere den kroniske toksisiteten til forskjellige forurensende stoffer, og de spenner vanligvis over minst 10% av organismenes levetid. Resultatene av kroniske toksisitetstester for vann kan brukes til å etablere retningslinjer og forskrifter for vannkvalitet for beskyttelse av vannlevende organismer.