UniProt

UniProt er en database med sekvenser av proteiner . Navnet stammer fra sammentrekningen av Universal Protein Resource (database united sal of pro teins). Det er en åpen database, stabil og tilgjengelig online, det er resultatet av konsolidering av alle data produsert av det vitenskapelige samfunnet. UniProt er en kommentert, hierarkisk database hvor hver sekvens ledsages av et rikt sett med metadata og lenker til mange andre databaser: bibliografisk, fylogenetisk, nukleotid ... I tillegg til aminosyresekvensen til proteiner, gir UniProt informasjon om deres funksjon og struktur samt lenker til andre databaser.

UniProt kombinerer data fra Swiss-Prot , TrEMBL og PIR- databaser (Protein Information Resource) og oppdateres regelmessig. Dataene er blant annet basert på ExPASy- serveren til Swiss Bioinformatics Institute og EBI . Disse serverne tilbyr spesielt søk etter homologe sekvenser i databasen ved hjelp av sekvensjusteringsverktøy som FASTA eller BLAST .

Merknader og referanser

  1. (in) Uniprot Consortium , The Universal Protein Resource (UniProt)  " , Nucleic Acids Res. , vol.  35, 2007, D193-7 ( PMID  17142230 , DOI  10.1093 / nar / gkl929 )

Se også

Relaterte artikler

Eksterne linker