Historien til Idaho under borgerkrigen er atypisk.
I begynnelsen av borgerkrigen var dagens Idaho en del av Washington Territory . De3. mars 1863, ble territoriet til Idaho opprettet, og bestod da av dagens Idaho, Montana og hele det sørvestlige Wyoming . Selv om det ligger langt fra konfliktsoner, var territoriet hjemmet til konfødererte sympatisører i sin østlige del, i dagens Montana. Derfor satte Sidney Edgerton seg i 1863 for å diskutere situasjonen med president Abraham Lincoln ; dette var en av grunnene som førte til at territoriet i Montana ble skilt fra territoriet i Idaho. Separasjonen førte også til at deler av landene i Idaho Territory (som tilsvarer dagens Wyoming) ble festet til Dakota Territory .
Soldatene som tjenestegjorde i Idaho kjempet ikke mot Confederacy, men voktet trafikken langs Oregon Trail og beskyttet kommunikasjonslinjene mellom det vestlige og østlige USA. Fort Boise , på stedet for den fremtidige hovedstaden Idaho, ble bygget i denne perioden på grunn av angrep rettet mot reisende på stien.
The Bear River massakren fant sted på29. januar 1863, ved det som ser ut til å være grensen mellom Washington Territory og Utah Territory nær dagens Preston i Franklin County (Idaho) . På denne datoen desimerte 300 soldater fra det 3 E California Volunteer Infantry Regiment ledet av oberst Patrick Connor en leir på 250 medlemmer av stammen Shoshone ; bare tjue indianere overlevde. Dette var svaret på flere angrep på hvite nybyggere året før, hvis skyld lå på Shoshone . Hendelsen dukket ikke veldig opp i presseoverskriftene i California og Utah, ettersom flertallet av aviser dekket nyheter fra frontlinjene. Stedet for massakren på Bear River er nå et nasjonalt historisk landemerke .
Det var sørlendinger i territoriet. De fleste av dem dro opprinnelig til California, men kom så til Idaho for å finne gull.
Etter krigen tiltok Idaho mange veteraner fra Union Army, inkludert flere guvernører. Den siste borgerkrigsveteranen som døde i Idaho var Israel Broadsword i 1952.