Fire in Kyôto er det tolvte bindet av mangaen Kenshin the vagabond .
Etter en ukes trening utfordrer Seijûrô Kenshin til å ta på ham enda en gang, og sistnevnte lykkes knapt. Mesteren gir så disippelen en demonstrasjon av "teknikken til den nihodede dragen" fra Hiten Mitsurugi-skolen, som består i å strenge ni dødelige slag i skolens guddommelige hastighet, noe som gjør enhver unnvikelse umulig.
Kenshin, presset av sin herre, prøver denne teknikken og utfører den perfekt ... men Seijûrô svarer med nøyaktig det samme og imot.
Han forklarer deretter at Kenshin bare har en måte å slå ham på, å mestre "teknikken til den guddommelige dragen", den virkelige hemmeligheten til Hiten Mitsurugi-skolen. Han legger til at Kenshin må kunne finne ut av det etter å ha sett “Nine-Headed Dragon Technique”. Men da han så hvordan disippelen advarer seg selv, forteller han ham at noe mangler ham, og gir ham en natt for å finne hva det er, ellers må han virkelig sette livet i fare for å mestre denne teknikken.
Om kvelden, mens han drakk skyld , husker Seijûrô møtet med Kenshin, som så adoptivforeldrene sine dø for øynene etter å ha sett foreldrene hans dø av kolera .
Neste morgen møter mester og disippel hverandre. Ser at studenten hans ikke har funnet svaret, erklærer Seijûrô at Kenshin aldri vil være i stand til å beseire Shishios gjeng , og selv om han gjør det, vil han tape for sin morderiske side. Ved å fjerne den vektede kappen som begrenser styrken hans, kunngjør han at han kommer til å drepe ham her, slik hans plikt som mester krever. Kenshin kjenner da at hånden skjelver foran Seijûrôs sanne styrke, som han ser for første gang.
Da hans herre skynder seg å utføre "Nine-Headed Dragon Technique", ser Kenshin plutselig ansiktene til alle han har møtt og stolt på, spesielt Kaoru , og innser at han ikke kan la seg drepe, han må leve, kl. alle kostnader. Han stormer fremover og sabrene til de to motstanderne kolliderer, og begge faller til bakken.
Seijûrô forklarer så til Kenshin at det var viljen til å leve som manglet ham, han som konsumerte med anger vil beskytte mennesker for enhver pris, selv i bytte for livet. Han sier at denne viljen til å leve er sterkere enn noe annet, og legger til at Kenshin er i stand til å beseire Shishios fraksjon ... like før sistnevnte merker såret på brystet til sin herre.
Seijûrô, skadet, mister bevissthet og kollapser. Kenshin nekter da å la ham dø, og drar ham til hytta sin, hvor han prøver å behandle ham.
I mellomtiden inkluderer Shishio det "ti sverdet" (unntatt Cho): Sojiro , Kamatari , Usui , Anji , Hoji , Iwanbô , Henya , Saizuchi og Fuji . Han forteller dem at brannen er planlagt neste dag ett minutt til midnatt.
Den morgenen gjenvinner Seijûrô bevissthet, i god form, og kunngjør Kenshin at hans trening er over, og at han må sublimere den “guddommelige drageteknikk” for ikke å drepe, selv med et sverd med et omvendt blad.
Kenshin tar avskjed med sin herre og ber ham en siste tjeneste: å våke over vennene sine i Aoiya under konfrontasjonen. Men Seijûrô gjentar at disippelen hans misbruker sin godhet.
I Kyoto , Hajime samlet flere tusen politifolk for å håndtere trusselen om brannen.
Kenshin slutter seg til ham, og de to er enige om at Shishios menn ser ut til å snakke for lett. Når man ser på kart, forstår de at i virkeligheten vil Shishio forsøke å bombe Tokyo til sjøs, og brannen i Kyoto er en avledning. Sammen med Sanosuke , drar de alle til Osaka , hvor Shishio sannsynligvis vil dra.
Kjører mot Osaka, de tre av dem diskuterer Shishios strategi. Kenshin forstår at han ikke har til hensikt å ødelegge Tokyo, men å dra nytte av panikkvinden som vil følge av at en ukjent båt ser ut i Tokyo-bukten, som de svarte båtene til Perry. Forvirret, befolkningen vil synke i total forvirring, og regjeringen vil ikke være i stand til å takle det.
I Kyoto mottar Misao , Kaoru og Yahiko et brev fra Kenshin som forklarer Shishios plan, og ber Obiwabanshû om hjelp til å kontrollere brannene. Ved å bruke gruppens bæreduer satte de seg ut for å advare befolkningen.
I Osaka presenterer Shishio Yumi med "skjærsilden", smart skjult i form av en vanlig båt.
Shishios menn i Kyoto blir forhindret fra å handle av politiets massive tilstedeværelse. Flere medlemmer av de "ti sabrene" går deretter i aksjon. Men befolkningen ser på, og ingen brann kan startes.
På båten er Hôji bekymret for fraværet av flammer når en vakt ser en drosje komme i full fart som Kenshin, Hajimé og Sanosuké kommer ut fra. Shishio er ellers ikke overrasket, ettersom Kenshin er den mest like snikmorderen, og derfor klarte han å gjette sine intensjoner.
Shishio, som ikke vil virke som om han stikker av, bestemmer seg for å vise sine besøkende det sanne utseendet på våpenet sitt, og sprenger kamuflasjen på båten hans. Et ekte krigsskip dukker opp. Hajimé forstår da at regjeringen, overfor dette, ikke vil vare.
Kenshin bestemmer at han og Hajimé skal gå til båten og få fiendens oppmerksomhet, mens Sanosuke går for å lete etter en båt slik at han kan nærme seg og bruke sprengstoffene som Tsunan har gitt ham .
Da hans to motstandere kommer på båten, blir ikke Shishio lurt, og beordrer Gatling-maskingeværet han hadde forberedt på å skyte mot Sanosuke, som kommer løpende over ruskene fra drivved. Men sistnevnte mot det ved å få vann til å fly med sin teknikk med dobbeltslag.
Ankom innenfor rekkevidden til båten, lanserer Sanosuké sine eksplosiver som viser seg å være ekstremt kraftige.
Da Shishio så båten hans hardt skadet og klar til å synke, innrømmer han å ha undervurdert sine motstandere, og arrangerer å møte dem i sitt hovedkvarter. Kenshin aksepterer utfordringen, og Shishio og hans menn evakuerer skipet.