Genetisk lenke

Den binding (eller koplingsgruppe ) er det faktum at verdiene av to gener forskjellige tendens til å bli arvet sammen fra ett individ til sitt avkom. Dette skjer hvis de befinner seg på samme kromosom og nær hverandre; i tekniske termer, hvis deres lokus , sektorene av DNA der deres alleler er funnet, er nærliggende.

En genetisk kobling skilles fra en fysisk kobling: to gener som er på samme kromosom er fysisk koblet, men kan være genetisk uavhengige, de sies da å være syntener . Avstanden mellom gener måles ved hjelp av en abstrakt enhet, cM (centimorgans), tilsvarende sannsynligheten for at de to gener er adskilt av en krysset-over. Et sett med sammenkoblede gener danner en haplotype , som gjør det mulig å studere evolusjon og bevegelse av populasjoner over tid, spesielt opprinnelsen til menneskeheten .

Teori

I teorien, jo mindre avstanden mellom to loki av to gener er, desto mindre er risikoen for at en krysning vil skille dem under meiose , så jo mindre fenotypen som vil oppstå fra forskjellige oppnådde gameter, vil avvike fra foreldrenes fenotyper for tegnene studerte. Denne observasjonen gjør det mulig å utlede den genetiske avstanden mellom to gener. (Merk: dette er ikke den genetiske avstanden som måler forskjellen mellom to genomer; det er faktisk en fysisk uavhengighet på to steder for arvelighet.)

Den genetiske avstanden mellom to lokus bestemmes ved å studere frekvensen av fenotyper etter kryssing:

For å vurdere avstanden mellom de to stedene må frekvensen av rekombinante kjønnsceller multipliseres med 100. Antatt oppnådd uttrykkes i rekombinasjonsenhet eller cM .

LOD-poengsum

Fra sannsynligheten for overføring av alleler av to gener som er observert i avkom, er det mulig å etablere en numerisk verdi som kvantifiserer graden av genetisk kobling, dette er LOD-poengsummen ( akronym for logaritme av odds , logaritme av sannsynligheter) bygget av Newton E. Morton .

LOD-poengsummen er definert som den desimale logaritmen av forholdet mellom sannsynligheten for å observere en familie under hypotesen om en kobling av en avstand Q (eller Theta Θ, ofte brukt) mellom to loci til sannsynligheten for observasjon av denne samme familien under uavhengighetshypotesen (Q = 0,50):

En kobling blir erklært signifikant når LOD-poengsummen, eller det samlede poengsumet som er oppnådd for forskjellige familier, er større enn eller lik 3. En lenke kan definitivt ekskluderes, for en gitt Q-verdi, når LOD-poengsummen er strengere enn - 2. Den høyeste verdien av poengsummen (> 3, som betyr minst tusen ganger mer sannsynlig under Q-hypotesen enn under uavhengighetshypotesen) beregnet for forskjellige verdier av Q tilsvarer maksimal sannsynlighet for den tilsvarende Q-verdien.

Som regel starter vi med verdier på Q valgt fra 5% til 5%, dvs. 0%, 5%, 10%,… 45%. Og man foredler 1 av 1% rundt maksimum av poengsummen oppnådd for de foregående verdiene.

Relaterte artikler

<img src="https://fr.wikipedia.org/wiki/Special:CentralAutoLogin/start?type=1x1" alt="" title="" width="1" height="1" style="border: none; position: absolute;">