Båndmal
De bånd modellene er molekylær modulering av proteinstrukturer . De visualiserer elementer i den sekundære strukturen som en alfa-helix eller et beta-ark og tillater en representasjon av den tertiære strukturen . De forskjellige peptidene kan skilles fra farger. Båndmodeller brukes i molekylær modellering, for eksempel i proteinteknikk (de) . Modellen ble etablert av Jane Richardson i 1980/1981.
Konvensjoner
Sekundær struktur |
---|
Alpha propell
|
Spiral sylindrisk tape med båndets plan omtrent ved peptidbindingen.
|
Beta-ark
|
Piltykkelse 25% av bredden, rettet fra N-terminalen til C-terminalen . Beta-ark består av β-tråder og β-løkker.
|
Tråder og andre
|
---|
Ikke-gjentatte tråder
|
Runde tråder langs α C-atomer av aminosyrer, tynnere fra forgrunnen til bakgrunnen.
|
Forbindelser mellom løkker og helixer
|
Runde tråder langs aminosyrene α C-atomer, som flater ut når de passerer gjennom alfa-helixen
|
Andre egenskaper
|
---|
N-terminal og C-terminal ender
|
Små piler muligens med bokstaver. For β-tråder er pilens retning tilstrekkelig; en fargegradient langs aminosyresekvensen brukes ofte til dette formålet.
|
Disulfidbroer
|
Med en sammenflettet dobbel S eller med en sikksakklinje
|
Protesegrupper eller hemmergrupper
|
Stick eller ball modell
|
Metaller
|
Baller
|
Skygger og farger
|
Kontrasten avtar mot bakgrunnen
|
Programvare
Det er utviklet forskjellige programmer for representasjon av proteiner i båndmodellen , for eksempel Molscript (de) av Arthur M. Lesk (de) , Karl Hardman og John Priestle, Jmol , DeepView (de) , MolMol (de) , KiNG ( de) , UCSF Chimera (de) eller PyMOL .
Eksterne linker
Merknader og referanser
-
Jane S. Richardson, “ The anatomy and taxonomy of protein structure ”, Fremskritt innen proteinkjemi , vol. 34,nitten åtti en, s. 167–339 ( PMID 7020376 ).
-
Jane S. Richardson, “ Skjematiske tegninger av proteinstrukturer ”, Methods in enzymology , vol. 115,
1985, s. 359–38 ( PMID 3853075 ).
-
Jane S. Richardson, “ Early ribbon tegninger av proteiner ”, Nature Structural & Molecular Biology , vol. 7, n o 8,
august 2000, s. 624–625 ( PMID 10932243 , DOI 10.1038 / 77912 , les online ).
-
M. Morange, “ Hva historien forteller oss XXV. Konstruksjon av båndmodellen av proteiner (1981). Bidraget fra Jane Richardson. », Journal of Biosciences (de) , vol. 36, n o 4,
september 2011, s. 571–574 ( PMID 21857104 , les online ).
-
Peter D. Sun , Christine E. Foster og Jeffrey C. Boyington , “ Oversikt over proteinstrukturelle og funksjonelle bretter ”, Current Protocols in Protein Science , vol. 35, n o 1,
2004( PMID 18429251 , DOI 10.1002 / 0471140864.ps1701s35 ).
-
Mike Carson og Charles E Bugg , “ Algoritme for båndmodeller av proteiner, ” Journal of Molecular Graphics , vol. 4, n o to1986, s. 121–122 ( DOI 10.1016 / 0263-7855 (86) 80010-8 ).
-
PJ Kraulis , “ MOLSCRIPT: et program for å produsere både detaljerte og skjematiske diagrammer av proteinstrukturer ”, Journal of Applied Crystallography , vol. 24, n o 5,
1991, s. 946–950 ( DOI 10.1107 / S0021889891004399 ).
-
Angel Herráez , “ Biomolecules in the computer: Jmol to the rescue ”, Biochemistry and Molecular Biology Education , vol. 34, n o 4,
2006, s. 255–261 ( PMID 21638687 , DOI 10.1002 / bmb.2006.494034042644 ).
-
Maria U Johansson , Vincent Zoete , Olivier Michielin og Nicolas Guex , “ Definere og lete etter strukturelle motiver som bruker DeepView / Swiss-PdbViewer ”, BMC Bioinformatikk , vol. 13, n o 1,
2012, s. 173 ( PMID 22823337 , PMCID 3436773 , DOI 10.1186 / 1471-2105-13-173 ).
-
Reto Koradi , Martin Billeter og Kurt Wüthrich , “ MOLMOL: Et program for visning og analyse av makromolekylære strukturer ”, Journal of Molecular Graphics , vol. 14, n o 1,1996, s. 51–55 ( PMID 8744573 , DOI 10.1016 / 0263-7855 (96) 00009-4 )
-
Vincent B. Chen , Ian W. Davis og David C. Richardson , “ KING (Kinemage, Next Generation): A allsidig interaktiv molekylær og vitenskapelig visualiseringsprogram ”, Protein Science , vol. 18, n o 11
2009, s. 2403–2409 ( PMID 19768809 , PMCID 2788294 , DOI 10.1002 / pro.250 ).
-
Thomas D. Goddard , Conrad C. Huang og Thomas E. Ferrin , “ Programvareutvidelser til UCSF-kimærer for interaktiv visualisering av store molekylære samlinger, ” Structure , vol. 13 n o 3,2005, s. 473–482 ( PMID 15766548 , DOI 10.1016 / j.str.2005.01.006 ).
-
Axel T Brunger og James A Wells , “ Warren L. DeLano 21. juni 1972–3 november 2009 ”, Nature Structural & Molecular Biology , vol. 16, n o 122009, s. 1202–1203 ( PMID 19956203 , DOI 10.1038 / nsmb1209-1202 ).