PyMOL
PyMOL
PyMOLs grafiske grensesnitt. Programvaren kan også motta instruksjoner i form av kommandoer.
| Utviklet av | Schrödinger |
|---|---|
| Første versjon | 2010 |
| Siste versjon | 2.3.3 (21. august 2019) |
| Innskudd | github.com/schrodinger/pymol-open-source |
| Skrevet i | Python |
| Grensesnitt | PyQt |
| Operativsystem | Multiplatform |
| Miljø | Kryssplattform |
| Les formater | Protein data Bank ( no ) og CCP4 ( no ) |
| Språk | Flerspråklig |
| Type | Kjemo-informatikk |
| Tillatelse | Python-lisens |
| Nettsted | PyMOL nettsted |
PyMOL er en gratis 3D-programvare for visualisering av kjemisk struktur laget av Warren DeLano. Det brukes hovedsakelig av studenter, professorer og forskere innen kjemi og strukturell biologi . Den er utviklet i Python og er plattform. Dermed fungerer det på Windows-, Mac OS X-, Linux- og Unix-systemer. Denne programvaren brukes regelmessig til å produsere 3D-bilder av høy kvalitet for vitenskapelig publisering. Ifølge forfatteren er omtrent en fjerdedel av 3D-bildene av proteiner publisert i den vitenskapelige litteraturen laget med PyMOL.
Visningsmodi
PyMOL-programvaren støtter mange visningsmoduser:
- Wire: båndene mellom to atomer er representert av en ledning hvis farge indikerer det atomelement som er representert. Denne visualiseringen er nyttig fordi den er veldig lett og gjør det mulig for eksempel å posisjonere molekylet i ønsket retning før du lager en mer detaljert og lang visuell gjengivelse.
- Kule og pinne: representasjon lik trådbildet, men "tykkere". Det brukes ofte til å representere ligander (for eksempel DNA eller andre organiske molekyler som interagerer med et protein.
- CPK-fylling: protein er representert som atomer og bindinger i skala. Denne representasjonen respekterer fargene på konvensjonelle molekylære modeller .
- Bånd: deformasjonen av proteinets hovedkjede er representert globalt av en stripe forvrengt i rommet. Denne modusen er spesielt nyttig hvis vi legger til noen elementer av interesse for visualiseringen.
- Tegneserie: denne representasjonen ligner på båndrepresentasjonen i den forstand at arrangementet av hovedkjeden er representert i rommet av et bånd, men understreker de sekundære strukturene . Vi visualiserer derfor tydelig henholdsvis alfahelixene og beta-arkene i form av spiraler og piler. Sløyfene er representert med det enkle båndet.
- Overflate: Proteinet er som "innhyllet" av en virtuell overflate som avgrenser sonene som er tilgjengelige for løsningsmidlet (vann generelt) og de mer indre sonene i molekylet. Beregningen og deretter den grafiske representasjonen av denne overflaten er grådige i databehandlingsressurser.
Støttede filer
PyMOL støtter flere typer filer ved bruk innen flere felt innen kjemi og biologi:
- struktur (PDB, CIF, MOL, SDF, MOL2 ...);
- elektronisk tetthetskart (x-plor, kube ...);
- biologisk sekvens (fasta ...).
Se også
Relaterte artikler
Eksterne linker
- (no) Offisielt nettsted
- (en) Wiki