De molekylmekanikk svarer til bruken av Newtonsk mekanikk for modellering av systemer molekyl . Tilnærmingene til molekylær mekanikk brukes ofte for forbedring av molekylære strukturer, simuleringer av molekylær dynamikk og simuleringer ved hjelp av Monte-Carlo-metoden .
Molekylære mekanikkmodeller består vanligvis av sfæriske atomer forbundet med fjærer som representerer bindinger . De interne kreftene som vurderes i den modellerte strukturen er beskrevet ved hjelp av enkle matematiske funksjoner . Den Hookes lov brukes vanligvis til å beskrive interaksjoner bindende. Atomer kan behandles som harde ikke-elastiske kuler, eller de kan samhandle avhengig av Lennard-Jones potensial .
Denne listen er ikke uttømmende: