De indre proteiner eller integrerte proteiner er plassert inne i membrancellen . Deres funksjon er å sikre transport av næringsstoffer eller signaler til hver side av cellemembranen. De kan være transmembrankanaler som sikrer den inngang og utgang av elektrolytter , vannmolekyler , glukose , etc. De kan også være proteiner som sikrer overføring av et kjemisk signal som G-proteinet . Sistnevnte vil indusere en signalkaskade mot det indre av cellen.
Strukturen kalt bånd 3-protein er et godt eksempel på et indre protein. De settes inn i det fosfolipid-dobbeltlaget som utgjør cellemembranen. De er iboende for cellemembranen.
Omvendt med iboende proteiner, ligger eksterne proteiner nær cellemembranen uten å krysse den. De kan være plassert på den cytoplasmatiske siden så vel som på den ekstracellulære siden av membranen. Funksjonen til ekstrinsiske proteiner er mobilstøtte. Andre kategorier av ytre proteiner vil blant annet ha den funksjonen å sikre overføring av den kjemiske meldingen inne i cellen. Melding tidligere indusert av et iboende protein; for eksempel proteinet G.