De vanligste religionene i Sør-Sudan er kristendommen og de forskjellige tradisjonelle religionene . Den katolske kirken i Sør-Sudan representerer over 37,5% av befolkningen.
Flertallet av innbyggerne (60,5%) i dette landet er av kristen tro . De er delt i hovedsak mellom katolikker med nær 3 millioner tilhengere (evangeliserte siden slutten av XIX th århundre av den italienske Comboni ) og protestantiske Episcopal Church of Sudan, som inkluderer nesten 2,5 millioner tilhengere (evangelisert av anglo-amerikanere). Evangeliske kirker fullfører bildet. Når det gjelder animister , representerer de 19,1%, og muslimer 20%.
Sør-Sudans animisme er sterkt gjennomsyret av kristendommen. Jesus Kristus er den viktigste religiøse figuren der, men planter og dyr har også en hellig karakter.