The Rio Canoinhas angir en brasiliansk vassdrag i delstaten Santa Catarina .
Han er født i Serra do Espigão (som er en del av Serra Geral ) omtrent 20 km nord for byen Santa Cecília . Den flyter fra sør til nord, og krysser kommunene Monte Castelo , Major Vieira og Canoinhas . Den renner deretter ut i Rio Negro , hvorav den utgjør en av de viktigste sideelvene til venstre bredd.