SOAPdenovo

SOAPdenovo

Informasjon
Utviklet av Beijing Institute of Genomics
Siste versjon r240
Miljø UNIX ( Linux , Mac OS X )
Type Bioinformatikk
Tillatelse GPL versjon 3.0
Nettsted [1]

SOAPdenovo er programvare for de novo- samling av korte DNA- sekvenser produsert av en gensekvenser . Dette verktøyet er en del av programvarepakken SOAP ( Short Oligonucleotide Analysis Package ).

Historisk

SOAPdenovo ble utviklet i 2009 av Beijing Institute of Genomics. Denne programvaren ble brukt for første gang i et prosjekt med sikte på de novo å samle sekvensen til det menneskelige genomet på en rask og økonomisk måte. Den samme programvaren ble brukt et år senere for å montere det gigantiske panda- genomet på samme måte .

Merknader og referanser

  1. Illumina GA
  2. BGI Americas programvare for bioinformatikk
  3. Li R, Zhu H, Ruan J et al., De novo-samling av humane genomer med massivt parallell kortlesningssekvensering . Genomforskning 20. feb (2), 2009, s.  265-272 .
  4. Li R, Fan W, Tian G et al. (2010) Sekvensen og de novo- samlingen av det gigantiske panda-genomet . Natur 463: 311-317.

Se også

Eksterne linker