San Juan del Sur er en kommune i Nicaragua, en fiskehavn ved Stillehavet. Det er en del av avdelingen i Rivas . Kommunens befolkning er anslått til 18 000 innbyggere.
Nettstedet ble oppdaget av den spanske Andrés Niño i 1522 mens han lette etter en passasje for å nå Nicaraguasjøen .
Havnen hadde stor betydning i midten av XIX - tallet under gullrushet i California . Tusenvis av amerikanere la ut fra New York og krysset den sentralamerikanske elven opp San Juan- elven og Lake Nicaragua, og tok jernbanen til San Juan del Sur hvor de tok båten til San Francisco. I dag er det turisme som animerer byen, strendene tiltrekker seg mange surfere.