Den AIDS er et stort helseproblem i Botswana , mens man i 4 voksne er infisert med HIV . Botswana er det mest berørte landet i verden, bak Lesotho og Swaziland .
350 000 mennesker levde med hiv i 2015, og 22,2% av den voksne befolkningen (i alderen 15 til 49 år) er smittet med viruset. Overføring skjer hovedsakelig gjennom heterofil samleie, det er militæret og unge kvinner som er mest sårbare for nye infeksjoner. Det er over 15.000 nye infeksjoner per år. Infeksjonsraten er høyest i store byer, middels i mellomstore byer og lavest i landsbyer. Til tross for landets anstrengelser for å bekjempe epidemien, er prevalensen fortsatt over 40% i noen regioner øst i landet.
Det var i 1985 at det første tilfellet av HIV ble oppdaget i Botswana. Regjeringen fokuserte først på å teste blodoverføringer. Fram til 1997 holdt de offentlige utgiftene til å bekjempe sykdommen seg lave.
Siden 1997, og spesielt under regjeringene i Festus Mogae , har kampen mot sykdommen blitt prioritert. I 1999 ble det innført et forebyggingsprogram mot overføring fra mor til barn. Iaugust 2000, Bill og Melinda-Gates Foundation i samarbeid med Harvard University , Merck & Co. og Bristol-Myers Squibb lanserer et AIDS-behandlingsprogram. Av antiretrovirale midler er fordelt til folk på et avansert stadium av sykdommen. Mangelen på infrastruktur og medisinsk personell hindrer imidlertid gjennomføringen av programmet. I 2003 introduserte regjeringen den første omfattende sykdomsbekjempelsesstrategien. I 2004, da nesten 40% av den voksne befolkningen var HIV-positive, innførte regjeringen rutinemessige screeningtester. Fra 2003 til 2008 brukte Botswana 340 millioner dollar mot AIDS, omtrent to tredjedeler av beløpet som ble gitt av sentralmyndighetene. I 2009 ble det startet kampanjer til fordel for omskjæring , fordi det reduserte overføringen av viruset med rundt 50%.
Landet har satt seg et mål om at 90% av mennesker som lever med hiv, vet statusen deres og at 90% av de som lever med hiv får antiretroviral behandling innen 2020.
AIDS truer økonomien, politisk stabilitet og befolkningsvekst. Etter den første kjente saken i 1985 var regjeringens hovedrespons å utføre blodprøver for å unngå tilstedeværelsen av viruset i blodtransfusjoner. Forventet levealder var 65 år i 1990, 57 år i 1997, 35 år i 2005 og 54,5 år i 2011.
Arbeidsstyrken er rammet av sykdommen, fordi en stor del av den yrkesaktive befolkningen er rammet av AIDS og ikke lenger er i stand til å jobbe. I følge USAs utenriksdepartement mistet Botswana mellom 1999 og 2005 rundt 17% av det medisinske personalet på grunn av sykdommen. Anslag for 2020 spår et tap på over 23% av arbeidsstyrken i landbruket.