Forkortelsen ATAC-seq kommer fra det engelske A ssay for T ransposase- En ccessible C hromatin med highthroughput seq uencing . Dette er en teknikk som brukes i molekylærbiologi for å karakterisere de tilgjengelige områdene av kromatin så vel som i mindre grad den nukleosomale posisjonering rundt dem. Denne metoden ble først beskrevet i 2013.
Prinsippet for ATAC-seq er basert på virkemåten til Tn5-transposasen på det genomiske DNA i prøven. Transposaser er enzymer som katalyserer transposons bevegelse til andre deler av genomet . Selv om naturlige transposaser har et lavt aktivitetsnivå, benytter ATAC-seq en overaktiv mutert transposase.
Transposonene er fortrinnsvis innlemmet i de genomiske områdene uten nukleosomer ( nukleosomfrie regioner på engelsk). Dermed indikerer en anrikning av sekvenser av bestemte steder i genomet et fravær av nukleosomer eller andre DNA-protein-interaksjoner.
Fordelene med ATAC-seq inkluderer: