ATAC-Seq

Forkortelsen ATAC-seq kommer fra det engelske A ssay for T ransposase- En ccessible C hromatin med highthroughput seq uencing . Dette er en teknikk som brukes i molekylærbiologi for å karakterisere de tilgjengelige områdene av kromatin så vel som i mindre grad den nukleosomale posisjonering rundt dem. Denne metoden ble først beskrevet i 2013.

Beskrivelse

Prinsippet for ATAC-seq er basert på virkemåten til Tn5-transposasen på det genomiske DNA i prøven. Transposaser er enzymer som katalyserer transposons bevegelse til andre deler av genomet . Selv om naturlige transposaser har et lavt aktivitetsnivå, benytter ATAC-seq en overaktiv mutert transposase.

bruk

Transposonene er fortrinnsvis innlemmet i de genomiske områdene uten nukleosomer ( nukleosomfrie regioner på engelsk). Dermed indikerer en anrikning av sekvenser av bestemte steder i genomet et fravær av nukleosomer eller andre DNA-protein-interaksjoner.

fordeler

Fordelene med ATAC-seq inkluderer:

  1. Krav til lave biologiske prøver. 50000 celler er tilstrekkelig for denne teknikken, i motsetning til andre teknikker som MNase-Seq eller DNase-Seq som krever minst 100 ganger mer materiale.
  2. Hastighet: Hele protokollen krever totalt 3 timer.

Merknader og referanser

  1. Jason D Buenrostro , Paul G Giresi , Lisa C Zaba , Howard Y Chang og William J Greenleaf , “  Transposisjon av naturlig kromatin for rask og sensitiv epigenomisk profilering av åpent kromatin, DNA-bindende proteiner og nukleosomposisjon  ”, Nature Methods , vol.  10, n o  126. oktober 2013, s.  1213-1218 ( DOI  10.1038 / nm.2688 )
  2. Jason D. Buenrostro , Beijing Wu , Howard Y. Chang og William J. Greenleaf , “  ATAC-seq: A Method for Assaying Chromatin Accessibility Genome-Wide  ”, Current Protocols in Molecular Biology ,januar 2015( DOI  10.1002 / 0471142727.mb2129s109 )

Eksterne linker