Beta-propell

WD40-domene Beskrivelse av dette bildet, også kommentert nedenfor C- terminal domene WD40 av Tup1-proteinet fra gjæren Saccharomyces cerevisiae ( PDB  1ERJ ) Proteindomene
Pfam PF00400
Klan Pfam CL0186
InterPro IPR001680
LØNNHET PDOC00574
SCOP 1gp2
OVERFAMILIE 1gp2
CDD cd00200

I strukturbiologi er en β-propell en tertiær struktur av visse proteiner preget av arrangementet av fire til åtte bladformede β ark rundt en sentral akse i en toroidal konfigurasjon . Hvert β-ark er vanligvis dannet av fire antiparallelle β- tråder vridd slik at de første og siste strengene er nesten vinkelrett på hverandre. En studie som tar sikte på å etablere de strukturelle prinsippene til β-propeller har vist at syvbladstrukturen er den mest gunstige sett fra et geometrisk synspunkt.

Eksempler

For eksempel er viral neuraminidase av influensavirus et protein med β-propell med seks blader hvis aktive form er en tetramer . Dette er en av de to proteiner av viruskappen , som katalyserer den spaltning av molekyler av sialinsyre fra proteinene i plasmamembranen av celler sunne for å lette innføringen av nye virioner .

Protein UVR8  (en) av plantene , som oppdager UV-B, har en β-propell, syv blader dimerisert som dissosieres som et resultat av absorpsjonen av UV-B.

De WD40 gjentas , også kalt repetisjon β- transducin er korte fragmenter stede hovedsakelig i eukaryoter . De er ofte samlet i enheter på fire til seksten tandem-gjentakelser for å danne et strukturelt domene som er kritisk for protein-protein-interaksjoner .

En β-propell av LDL-reseptoren utgjør en kritisk komponent i dette proteinet og er involvert i en konformasjonsendring indusert av en variasjon i pH  : ved nøytral pH har proteinet en strukket lineær konformasjon som gjør det mulig å binde seg til ligander ( PCSK9 ) ; ved lav ( sur ) pH utvikler den lineære konformasjonen seg mot en hårnålsformasjon der β-propellen blokkerer binding til ligandene.

Merknader og referanser

  1. (i) Elizabeth R. Sprague, J. Michael Redd, Alexander D. Johnson og Cynthia Wolberger , "  Structure of the C-terminal domain of Tup1 has corepressor of transcription in yeast  " , The EMBO Journal , Vol.  19, n o  12 15. juni 2000, s.  3016-3027 ( PMID  10856245 , PMCID  203344 , DOI  10.1093 / emboj / 19.12.3016 , les online )
  2. (in) Alexey G. Murzin , "  Strukturelle prinsipper for propellmontering av β-ark: Preferansen for syvfoldig symmetri  " , Proteins , Vol.  14, n o  to Oktober 1992, s.  191-201 ( PMID  1409568 , DOI  10.1002 / prot.340140206 , les online )
  3. (in) Eva J. Neer, Carl J. Schmidt, Raman Nambudripad Temple F. Smith , "  The ancient regulatory-protein family of WD-repeat proteins  " , Nature , vol.  371, nr .  6495, 22. september 1994, s.  297-300 ( PMID  8090199 , DOI  10.1038 / 371297a0 , les online )
  4. (in) Temple F. Smith Chrysanthe Gaitatzes, Kumkum Saxena og Eva J. Neer , "  The WD repeat a common architecture for diverse functions  " , Trends in Biochemical Sciences , vol.  24, n o  5, Mai 1999, s.  181-185 ( PMID  10322433 , DOI  10.1016 / S0968-0004 (99) 01384-5 , les online )
  5. (i) Da-Wei Zhang, Rita Garuti, Wan-Jin Tang Jonathan C. Cohen og Helen H. Hobbs , "  Strukturelle krav til PCSK9-mediert nedbrytning av lipoproteinreseptoren med lav tetthet  " , Proceedings of the National Academy of Sciences av De forente stater , vol.  105, nr .  35, 2. september 2008, s.  13045-13050 ( PMID  18753623 , PMCID  2526098 , DOI  10.1073 / pnas.0806312105 , les online )
  6. (in) D. John Betteridge , "  Kardiovaskulær endokrinologi i 2012: PCSK9-et spennende mål for å redusere LDL-kolesterolnivåer  " , Nature Reviews , vol.  Ni, n o  to Februar 2013, s.  76-78 ( PMID  23296165 , DOI  10.1038 / nrendo.2012.254 , les online )