Helmholtz-medaljen ble opprettet den 31. august 1891for å markere 70 - årsjubileet for Hermann von Helmholtz og belønne forskere for deres fremragende prestasjoner innen naturvitenskap og teknologi, medisin og kunnskapsteori i samfunnsvitenskap. Den ble først tildelt av Royal Prussian Academy of Sciences : fra 1946 av det tyske vitenskapsakademiet i Berlin , siden 1972 omdøpt til vitenskapsakademiet til DDR . Siden 1992 har denne ære blitt tildelt Berlin-Brandenburg Academy of Sciences . Helmholtz-medaljen deles ut hvert annet år fra 1994.