TCDB

TCDB Presentasjon
Type Biologisk database , åpent arkiv , medisindatabase ( d ) , nettside , gratis programvare
Nettsted www.tcdb.org

TCDB , fra det engelske Transporter Classification DataBase , er en bioinformatikk database av membrantransportproteiner, inkludert ionekanaler . Klassifiseringen er godkjent av IUBMB , og er konstruert på samme måte som i EF-nomenklaturen for enzymer . Den består av ni klassetrinn på første nivå, som er delt inn i underklasser på andre nivå, deretter i superfamilier , familier og underlag .

De ni TCBD-klassene er således:

  1. Ionekanaler og porer
  2. Elektrokjemisk aktiverte transportører
  3. Direkte aktive transportører (primær)
  4. Gruppetranslokatorer
  5. Bærere av elektronoverføringsmolekyler
  6. Klasse reservert for fremtidige utvidelser
  7. Klasse reservert for fremtidige utvidelser
  8. Ytterligere faktorer involvert i transport
  9. Delvis karakteriserte transportsystemer

Merknader og referanser

  1. (i) Milton H. Saier Jr. Vamsee S. Reddy, G. Dorjee Tamang og Åke Västermark , "  The Transporter Classification Database  " , nukleinsyrer Forskning , vol.  42, n o  D1, Januar 2014, D251-D258 ( PMID  24225317 , PMCID  3964967 , DOI  10.1093 / nar / gkt1097 , les online )
  2. (i) Milton H. Saier Jr. Ren Ming Yen, Keith Noto, Dorjee Tamang G. og Charles Elkan , "  The Transporter Classification Database: recent advances  " , Nucleic Acids Research , Vol.  37, n o  Supplement 1, januar 2009, D274-D278 ( PMID  19022853 , PMCID  2686586 , DOI  10.1093 / nar / gkn862 , les online )
  3. (in) Milton H. Saier Jr. Can Tran V. og Ravi D. Barabote , "  TCDB: the Transporter Classification Database for transport membrane protein analysis and information  " , Nucleic Acids Research , Vol.  34, n o  Supplement 1, januar 2006, D181-D186 ( PMID  16381841 , PMCID  1334385 , DOI  10.1093 / nar / gkj001 , les online )

Vedlegg