Eukaryota (fylogenetisk klassifisering)
Formålet med denne siden er å presentere et fylogenetisk tre av Eukaryota ( Eukarya , Eucarya , Eucaryotes), det vil si et kladogram som fremhever slektsforholdet som eksisterer mellom deres forskjellige grupper (eller taxa), for eksempel de siste analysene av anerkjente studier. foreslå dem. Dette er bare en mulighet for fylogeni mellom forskjellige hypoteser som følge av forskernes arbeid, og hoveddebattene som forblir innenfor det vitenskapelige samfunnet presenteres kort nedenfor før bibliografien.
Fylogenetisk tre
Kladogrammet presentert her er ment å være i samsvar med de siste publiserte og tilgjengelige analysene. Det er ikke nødvendigvis samstemmende, og man kan alltid referere til bibliografien som er angitt nederst i artikkelen.
Symbolet ▲ refererer til den umiddelbart øvre delen av det fylogenetiske treet av levende ting. Skiltet ► refererer til fylogenetisk klassifisering av gruppen som blir vurdert. Enhver node på treet som har mer enn to grener, viser en ubestemmelighet av den interne fylogenien til gruppen som blir vurdert.
De typografiske vanene til botanikere og zoologer er forskjellige. Her, for å gjøre det lettere å lese, og noen nåværende grupper som faller inn under de to tradisjonelle domenene, er navnene på taxa høyere enn slekten skrevet med rette tegn, navnene på slekter eller arter i kursiv.
Etter en taxon kan dens utseende, når den er kjent, indikeres av følgende forklaring: ( Plé ): Pleistocene ; ( Pli ): Pliocene ; ( MiB ): Miocene ; ( Oli ): Oligocene ; ( Eoc ): Eocene ; ( Pal ): Paleocene ; ( Cre ): kritt ; ( Jur ): Jurassic ; ( Tri ): Trias ; ( Per ): Perm ; ( Bil ): Karbonholdig ; ( Dev ): Devonian ; ( Sil ): Silurisk ; ( Ord ): Ordovician ; ( Camb ): Cambrian ; ( Edi ): Ediacaran . For mer presisjon hvis mulig, ( - ): lavere; ( ~ ): middels; ( + ): overlegen.
-
▲
-
-
Eukaryota
-
Bikonta
-
-
Unikonta
- ...
-
- ...
-
Hilomonadea
- Micronuclearia
-
- Planomonadida
-
- ...
-
Opisthokonta ►
- ? Mantamonadida
-
-
Thecomonadea
- ? Hemimastigophora eller Spironemidae
- Ancyromonadidae
-
- Apusomonadida
I følge Adl et al. 2005, Nozaki et al. 2009, Cavalier-Smith 2010, veldig forenklet for å vise den phyletiske posisjonen til Apuzoaires sl .
-
Stentor roeseli ( Alveolata , Ciliophora )
-
Orchis longicornu ( Archaeplastida , Angiospermata , Asparagales , Orchidaceae )
-
Flammulina velutipes ( Mycota , Basidiomycota , Agaricales , Marasmiaceae )
-
Chrysaora sp. ( Metazoa , Cnidaria , Scyphozoa )
-
Lioness of Africa ( Panthera leo , Metazoa , Mammalia , Felidae )
Vitenskapelig debatt om fylogenien til Eukaryota
Etter utviklingen av kladistikk og molekylære fylogenier er klassifiseringen av andre organismer enn bakterielle (eller prokaryote ) blitt revidert fullstendig. Skillet basert på likheter som er oppnådd uavhengig i løpet av evolusjonshistorien, av forskjellige organismer som planter, alger, sopp, dyr og protozoer, ville ha hovedsakelig en beskrivende verdi, men ville ikke ha noen betydning for fylogenetisk klassifisering. Omgruppering av alt som verken er en grønn plante eller sopp eller et dyr i protistene, ville ikke lenger være nødvendig.
Svært mange phyler, noen ganger monospesifikke, har blitt anerkjent som monofyletiske. Grupperingen deres er mindre konsensuell: posisjonen til roten, posisjonen til organismer uten mitokondrier, antall endosymbioser av kloroplaster og påfølgende fylogeni, etc. . Dermed kan "Archeplastids", som inkluderer glaukofytter, røde alger og Viridiplantae (grønne alger og terrestriske planter), kanskje utnytte navnet sitt som er basert på antagelsen om at medlemmer av denne avstamningen, som har plastider omgitt av to membraner, er etterkommere av en enkelt felles forfader som innlemmet endosymbiotiske cyanobakterier . I så fall vil gruppen være parafyletisk ( jf. Nozaki et al. 2003 og Yoon et al. 2008). Når det gjelder Chromalveoli, inkluderer de sannsynligvis Rhizaries, løsrevet fra gravene som går tilbake til foten av Bicontes, selv om fraværet av mitokondrier i visse graver ( diplomonader og parabasalider ) i dag regnes som sekundært. Dette er analysen av Burki et al. 2007 som grovt følges her for å gruppere Stramenopiles, Alveoli og Rhizaria. Merk at Burki et al. 2008 make Hacrobia den bror gruppe av Archeplastids, og dermed skille dem fra “SAR-gruppen” og rendering foreldet begrepet Chromalveoli som forener foto eukaryoter inneholder klorofyll c og deres nære ikke-pigmentert slektninger.
Den Apusozoa , i nærheten av skillet mellom Unicontes og Bicontes, er, som vist ovenfor, for det meste uten tvil nærmere Opisthocontes. Hele gruppen er polyfyletisk. Den Breviatea anses amøber relatert til Amibozoaires som sin søstergruppe. Den Diphyllatea eller Collodictyonidae , som representerer en gammel mellomliggende linje mellom Amibozoa og den graver ut, har en usikker stilling i bunnen av det eukaryote treet.
De siste analysene av T. Cavalier-Smith satte roten til det eukaryote treet i Euglenae eller mellom dem og de andre eukaryoter, og separasjonen av Uniconts var senere.
Klassifisering i henhold til Cavalier-Smith 1998
Denne klassifiseringen er ikke strengt tatt fylogenetisk i den Hennigianske forstand av kladistikk. Basert på nye fylogenier, opprettholder det likevel parafyletiske taxa, spesielt ved foten av evolusjonære linjer, for enkelhets skyld. Det opprettholder også den tradisjonelle nomenklaturen (riker, phyla, klasser, etc. ).
Bare Protozoa sensu Cavalier-Smith utviklet seg under 13 phyla eller phyla . De andre kongedømmene er oppført på de tilsvarende sidene.
Klassifisering i henhold til Cavalier-Smith 1998
└─o empire ou super-règne des
Eukaryota
├─o règne des
Protozoa (paraphylétique)
│ ├─o sous-règne des
Archezoa (paraphylétique)
│ │ ├─o embranchement des
Metamonada
│ │ │ ├─o sous-embranchement des Eopharyngia
│ │ │ └─o sous-embranchement des Axostylaria
│ │ └─o embranchement des Trichozoa
│ │ ├─o sous-embranchement des Anaeromonada
│ │ └─o sous-embranchement des Parabasala
│ └─o sous-règne des Neozoa (paraphylétique)
│ ├─o infra-règne des Sarcomastigota (paraphylétique)
│ │ ├─o embranchement des Neomonada (peut-être paraphylétique)
│ │ │ ├─o sous-embranchement des
Apusozoa
│ │ │ ├─o sous-embranchement des Isomita
│ │ │ └─o sous-embranchement des
Choanozoa (peut-être paraphylétique)
│ │ ├─o embranchement des
Cercozoa
│ │ │ ├─o sous-embranchement des Phytomyxa
│ │ │ ├─o sous-embranchement des
Reticulofilosa
│ │ │ └─o sous-embranchement des Monadofilosa
│ │ ├─o embranchement des
Foraminifera
│ │ └─o embranchement des
Amoebozoa
│ │ ├─o sous-embranchement des Lobosa
│ │ └─o sous-embranchement des Conosa
│ │ ├─o infra-embranchement des
Archamoebae
│ │ └─o infra-embranchement des
Mycetozoa
│ │ ├─o super-classe des Eumyxa (peut-être paraphylétique)
│ │ └─o super-classe des
Dictyostelia
│ ├─o infra-règne des
Discicristata
│ │ ├─o embranchement des
Percolozoa
│ │ │ ├─o sous-embranchement des Tetramitia
│ │ │ └─o sous-embranchement des Pseudociliata
│ │ └─o embranchement des
Euglenozoa
│ │ ├─o sous-embranchement des Plicostoma
│ │ │ ├─o super-classe des Diplonemia
│ │ │ └─o super-classe des
Euglenoida
│ │ └─o sous-embranchement des Saccostoma
│ │ ├─o classe des
Kinetoplastea
│ │ └─o classe des Postgaardea
│ ├─o infra-règne des
Alveolata
│ │ ├─o super-embranchement des Miozoa
│ │ │ ├─o embranchement des
Dinozoa
│ │ │ │ ├─o sous-embranchement des Protalveolata (peut-être paraphylétique)
│ │ │ │ └─o sous-embranchement des
Dinoflagellata
│ │ │ └─o embranchement des
Sporozoa
│ │ │ ├─o sous-embranchement des
Gregarinae
│ │ │ ├─o sous-embranchement des Coccidiomorpha
│ │ │ │ ├─o super-classe des
Coccidia
│ │ │ │ ├─o super-classe des Ascetospora
│ │ │ │ └─o super-classe des
Hematozoa
│ │ │ └─o sous-embranchement des Manubrispora
│ │ │ └─o classe des Metchnikovellea
│ │ └─o super-embranchement des Heterokaryota
│ │ └─o embranchement des
Ciliophora
│ │ ├─o sous-embranchement des Tubulicorticata
│ │ ├─o sous-embranchement des Epiplasmata
│ │ └─o sous-embranchement des Filocorticata
│ └─o infra-règne des
Actinopoda (peut-être paraphylétique)
│ ├─o embranchement des
Heliozoa
│ └─o embranchement des
Radiozoa
│ ├─o sous-embranchement des Spasmaria
│ └─o sous-embranchement des
Radiolaria
├─o règne des
Animalia ►
├─o règne des
Fungi ►
├─o règne des
Plantae ►
└─o règne des
Chromista
├─o sous-règne des Cryptista
│ └─o embranchement des
Cryptophyta
└─o sous-règne des Chromobiota
├─o infra-règne des
Heterokonta ►
└─o infra-règne des
Haptophyta
└─o embranchement des
Haptophyta
Forenklet fylogenetisk tre etter Nozaki et al. 2003
Analysen hovedsakelig fokuserer på plastidet organismer, de Discicrists , den Stramenopiles og den Alveoler innenfor et stort clade gjør Archeplastides paraphyletic. Den Rhodophytes ville være den linje som ligger nærmest bunnen av Bicontes (i henhold til den ubestemt sted av organismer uten mitokondrier ). Stedet til Rhizaires er ikke nevnt.
Forenklet fylogenetisk tre etter Nozaki et al. 2003
─o
├─o
Amoebozoa
└─o
├─o
Opisthokonta
│ ├─o
Metazoa
│ └─o
Fungi
└─o
Plantae
├─o
Rhodophyta
└─o
├─o
Glaucophyta
└─o
├─o
Viridiplantae
└─o
├─o
Discicristata
│ ├─o
Heterolobosea
│ └─o
│ ├─o
Kinetoplastida
│ └─o
Euglenozoa
└─o
Chromalveolata
├─o
Heterokontophyta
└─o
Alveolata
├─o
Apicomplexa
└─o
Ciliophora
Forenklet fylogenetisk tre etter Stechmann et al. 2003
Arbeidet til Stechmann og Cavalier-Smith delte det eukaryote treet i to hovedklader, unicontes og bicontes . I trestrukturen presenteres de tradisjonelle kongedømmene Planter, Dyr og sopp, samt kongeriket foreslått av Cavalier-Smith for kromistene, som terminalgrener. Alle de resterende grenene utgjør sammen regimet til Protozoa i betydningen Cavalier-Smith.
Forenklet fylogenetisk tre etter Stechmann et al. 2003
Klassifisering foreslått av Adl et al. 2005
Etter en rekke arbeider, spesielt av Thomas Cavalier-Smith og Sandra L. Baldauf , som reorganiserte klassifiseringen av eukaryote celleorganismer gjennom fylogenetiske analyser, forsøkte denne internasjonale komiteen av protistologer å stabilisere en ny klassifisering, og erstattet den fra gamle protister og tok hensyn til nyere molekylær fylogenier. Den grupperer eukaryoter i seks grupper som er kjent for å være monofyletiske: Amibozoa, Opisthocontes, Rhizaria, Archeplastids, Chromalveoli og Excavates.
Klassifisering foreslått av Adl et al. 2005
─o
├─o
Amoebozoa ►
├─o
Opisthokonta ►
├─o
Rhizaria ►
├─o
Archaeplastida ►
├─o
Chromalveolata (peut-être paraphylétique)
►
├─o
Excavata (peut-être paraphylétique)
►
└─? divers groupes :
incertae sedis
├─o Ancyromonas
├─o Apusomonadidae
├─o Centrohelida
│ ├─o Acanthocystidae
│ ├─o Heterophryidae
│ └─o Raphidiophryidae
├─o Collodictyonidae
├─o Ebriacea
├─o Spironemidae
├─o Kathablepharidae
└─o Stephanopogon
Forenklet fylogenetisk tre etter Burki et al. 2007
Treets primære inndeling er en trikotomi som fremhever Unicontes, Excavates og en tredje klade som grupperer alle de andre eukaryotene. Den rhizarier , separert fra Excavata , finnes her i den samme gruppen med Chromalveolata , som en bror gruppe av de eneste Stramenopiles .
Forenklet fylogenetisk tre etter Burki et al. 2007
─o
├─o
Unikonta
│ ├─o
Amoebozoa
│ │ ├─o Lobosea
│ │ └─o Conosea
│ └─o
Opisthokonta
│ ├─o
Fungi
│ └─o
Metazoa
├─o
Excavata
│ ├─o
Malawimonadidae
│ └─o
│ ├─o Jacobida
│ └─o
Discicristata
└─o
├─o
Plantae
│ ├─o
Rhodophyta
│ └─o
│ ├─o
Glaucophyta
│ └─o
Viridiplantae
└─o
├─o
│ ├─o
Cryptophyta
│ └─o
Haptophyta
└─o
├─o
Alveolata
│ ├─o
Ciliophora
│ └─o
│ ├─o
Dinoflagellata
│ └─o
Apicomplexa
└─o
├─o
Stramenopiles
│ ├─o Opalinata
│ └─o
│ ├─o
Oomycetes
│ └─o
Heterokontophyta
└─o
Rhizaria
├─o
Cercozoa
└─o
Foraminifera
Forenklet fylogenetisk tre etter Yoon et al. 2008
Analysen av Yoon et al. 2008 bekrefter ikke virkeligheten av fylogenetisk separasjon mellom unicontes og bicontes og setter til og med spørsmålstegn ved gyldigheten til monofylen til Excavates, Plantae (i betydningen Archeplastides), Chromalveoli og Rhizaria (unntatt kjernen som består av Cercozoa).
Forenklet fylogenetisk tre etter Yoon et al. 2008
-o
├─o
Opisthokonta
└─o
├─o Ancyromonas
└─o
├─o
│ ├─o Fornicata
│ └─o Parabasalidae et
Oxymonadida
└─o
├─o
Amoebozoa
└─o
├─o
Rhodophyta
└─o
├─o
Glaucophyta
└─o
├─o
│ ├─o
Cryptophyta
│ └─o
Viridiplantae
└─o
├─o
│ ├─o
Malawimonadidae
│ └─o
│ ├─o Jakobidae
│ └─o
Discicristata
│ ├─o
Euglenozoa
│ └─o
Heterolobosea
└─o
├─o
Haptophyta
└─o
├─o
Cercozoa
│ ├─o Thaumatomonadida
│ └─o Cercomonadida
└─o
├─o
Stramenopiles
└─o
Alveolata
├─o
Ciliata
└─o
├─o
Apicomplexa
└─o
Dinoflagellata
Forenklet fylogenetisk tre etter Kim et al. 2008
I en annen analyse er Hacrobia vist nestet i Archeplastids, som sammen danner en klade med de fleste gravemaskiner, før krysset med "SAR-gruppen" som forbinder Stramenopiles, Alveolus og Rhizaria. Til sammen utgjør disse gruppene bicontes , Amibozoa og Opisthocontes som danner unicontes .
Forenklet fylogenetisk tre etter Kim et al. 2008
Forenklet fylogenetisk tre etter Burki et al. 2008
Burki et al. 2008 skiller Hacrobia fra alle Chromalveoli inkludert Rhizaria, mens det viser nære relasjoner med Archeplastids.
Forenklet fylogenetisk tre etter Burki et al. 2008
Forenklet fylogenetisk tre etter Rogozin et al. 2009
Andre analyser plasserer "SAR-gruppen" i Chromalveolates sl , selv om de er forskjellige med hensyn til plasseringen av de fem resulterende gruppene: Archeplastids, Excavates, Chromalveolates, Amibozoa og Opisthoconts. Rogozin et al. 2009 produserer treet nedenfor, der den primære inndelingen ligger mellom Archeplastids og alle andre eukaryoter.
Forenklet fylogenetisk tre etter Rogozin et al. 2009
Forenklet fylogenetisk tre etter Nozaki et al. 2009
Noen av de nyeste undersøkelsene, spesielt basert på analyser av sakte utviklende gener, antyder sterkt den polyfyletiske karakteren til Archaeplastida (den grønne linjen ifølge Hervé Le Guyader og Guillaume Lecointre ). Analysene av Nozaki et al. (2003, 2009) og Yoon et al. (2008) antyder at den tilsynelatende monofylen til Archaeplastida skyldes en gjenstand for tiltrekning av lange grener .
Den monofyletiske karakteren til Bikonta (som Nozaki kaller "Super" Plant Kingdom) er også basert på fusjonen av TS- og DHFR- gener , som har holdt seg adskilte i Unikonta . Monophyly av Unicontes støttes også av eksistensen av en fusjon av 3 gener ( CPS / DHO / ATC ) involvert i pyrimidinsynteseveien . Disse genene forble separate i prokaryoter og Bicontes, noe som gjorde denne sjeldne og irreversible hendelsen til en apomorfi . På den annen side ser det ut til at bifontellatkarakteren til Bicontes er plesiomorf .
Plastiden av Bicontes vil komme fra en enkelt primær endosymbiose av en cyanobakterier (den grunnleggende posisjonen til glaukofyttene støttes også av vedvarenheten av en bakteriell peptidoglykan mellom de to membranene i plastiden). Sistnevnte ville sekundært ha blitt tapt av gravemaskinene, og kromalveolene ville ha erstattet den med en plastid som følge av en sekundær endosymbiose av en rødalge (plastid med 4 membraner). Til slutt har flere takster av Chromalveoli sl mistet plastiden (blant annet Oomycota , Ciliata , Foraminifera klassifisert henholdsvis blant Stramenopiles, Alveoli og Rhizaria).
Forenklet fylogenetisk tre etter Nozaki et al. 2009
Klassifisering i henhold til Cavalier-Smith 2010
Som tidligere består det av klassifiseringsnivåer (som vi ikke har gjengitt her) og parafyletiske grupper for taxaene på bunnen av evolusjonære trær: Protozoer , Eozoa , Sarcomastigota ; Excavata- kladene er nå utviklet i listen, siden her ligger roten til Eukaryota mellom Euglenozoa og den andre taxa, og skillet mellom Chromista og Plantae på den ene siden, Unikonta på den annen side, blir lokalisert senere i utviklingen av Excavata . Den Bikont blir derfor også betraktes som paraphyletic .
Fylogenetisk tre etter Cavalier-Smith 2010
Klassifisering foreslått av Walker et al. 2011
Walker et al. 2011 foreslår en systematisk klassifisering av eukaryoter, beregnet på cellebiologer og parasitologer, som inneholder "SAR-klade" og "CCTH-klade".
Klassifisering foreslått av Walker et al. 2011
Forenklet fylogenetisk tre etter Zhao et al. 2012
Inndelingen av eukaryoter i to hovedklader, enhjørninger og bikonter, avledet fra henholdsvis en forfedres uniflagellatorganisme og en forfedres biflagellatorganisme, hadde blitt foreslått tidligere.
Zhao et al. 2012 produserte en studie med en noe lik inndeling, mens de bemerket at begrepene "unicontes" og "bicontes" ikke ble brukt i original forstand. Hacrobia er assimilert til "CCTH-gruppen" (forkortelse av Cryptophyta, Centrohelida, Telonemia og Haptophyta).
Forenklet fylogenetisk tre etter Zhao et al. 2012
Forenklet fylogenetisk tre etter Burki et al. 2012
Resultatene av fylogenetiske studier er ofte avhengige av valget av taxa og det tilgjengelige datasettet om de analyserte genene . Dermed er analysene fra Burki et al. (antyder "CCTH-gruppen") og Okamoto et al. (etablering av den nye taksonen til hakrobier) bekrefter eksistensen av en monofyletisk takson som heter Hacrobia (hvis diagnose er tatt opp av Cavalier-Smith som inkluderer Centrohéliozoaires, Cryptophytes og Haptophytes). Men andre studier har konkludert med at Haptophyta- og Cryptophyta-kladene ikke danner en monofyletisk gruppe.
Analysen av Burki et al. 2012 om 258 gener er publisert kort tid etter Zhao et al. 2012. De to studiene, der Burki deltar, gir divergerende resultater: det er vanskelig å fastslå om Hacrobia-gruppen er monofyletisk eller ikke. Forholdet mellom haptofytter og kryptofytter forblir derfor usikkert. Den første danner en søstergruppe i SAR-gruppen , den andre artikulerer med Archaeplastida ("planter" i vid forstand).
Forenklet fylogenetisk tre etter Burki et al. 2012
Klassifisering foreslått av Adl et al. 2012
Den internasjonale protistologikomiteen reviderer sin tidligere klassifisering ved å validere SAR-gruppen under taksonomisk skrift "Sar" og ved å innføre to nye samlinger av taxa på høyere nivå: Amorphea (fra gresk en "uten" og morph "form") og Diaphoretickes ( fra de greske diaphoretikésene "diverse").
Noen protistologer populariserer klassifiseringen revidert av komiteen fra International Society of Protistologists , mens de stoler på analysen av Burki et al. .
Klassifisering foreslått av Adl et al. 2012
Forenklet fylogenetisk tre etter Boudouresque 2015
Boudouresque 2015 foreslår et fylogenetisk tre basert på Baldaufs arbeid og anerkjenner inndelingen av eukaryoter i enhjørninger og bikonter i betydningen av Zhao et al. . De høyere taxaene er samlet i monofyletiske sett som danner riker: Amoebobionts og Opisthocontes riker i Unicontes og Cryptobionts, Archeplastids, Rhizarians, Alveoles, Stramenopiles, Haptobionts, Excavicrists og innen Bicontes.
Forenklet fylogenetisk tre etter Boudouresque 2015
Klassifisering foreslått av Adl et al. 2019
Den internasjonale protistologkomiteen reviderer sine tidligere klassifiseringer av eukaryoter med vekt på protister.
Eukaryoter danner to domener kalt Amorphea og Diaphoretickes , med flere tilleggsklader som ikke er gruppert i et tredje domene.
CRuMs- kladen , beskrevet av Brown et al. 2018 og består av Collodictyonidae , Rigifilida og Mantamonas , utgjør en søstergruppe av Amorphea.
Med henvisning til gruppen dannet av Discoba , Metamonada og Malawimonada , anses den uformelle gruppen " Excavates " for å være i usikker fylogenetisk posisjon ( uncertae sedis ) innen eukaryoter.
Klassifisering foreslått av Adl et al. 2019
-
▲
-
-
Eukaryoter
-
Amorphea
-
Diaphoretickes
- " Gravemaskiner "
-
CRUMS
- Collodictyonidae
- Rigifilida
-
- Mantamonas
- Ancyromonadida
-
- Hemimastigophora
Forenklet fylogenetisk tre etter Burki et al. 2020
Nye studier basert på fylogenomisk analyse tillater fremgang i oppløsningen av det fylogene treet av eukaryoter.
Telonemia- grenen , posisjonert som en søstergruppe til Sar-gruppen, er inkludert i gruppen med kallenavnet TSAR (forkortelse av Telonemia, Stramenopila, Alveolata og Rhizaria).
Linjene assimilert til " Excavates " er skilt i tre uavhengige grener (Discoba, Metamonada og Malawimonadida).
Hemimastigophora- linjen viser ikke noe slektsforhold til andre eukaryote grener.
Forenklet fylogenetisk tre etter Burki et al. 2020
Merknader og referanser
-
(i) Michael A. Ruggiero Dennis P. Gordon , Thomas M. Orrell , Nicolas Bailly Thierry Bourgoin , Richard C. Brusca , Thomas Cavalier-Smith , Michael D. Guiry og Paul M. Kirk , " A Higher Level Classification of All Levende organismer ” , PLoS ONE , vol. 10, n o 4,29. april 2015, e0119248 ( ISSN 1932-6203 , DOI 10.1371 / journal.pone.0119248 , les online )
-
(in) Lynn Margulis og Michael J. Chapman , Kingdoms & domains: en illustrert guide til livets fylle på jorden , Boston, Academic Press ,2009, xxii + 731 s. ( ISBN 978-0-12-373621-5 )
-
Guillaume Lecointre og Hervé Le Guyader , fylogenetisk klassifisering av levende ting , Paris, Belin ,2006, 3 e ed. ( 1 st ed. 2001), 559 s. , 1 vol. + 1 hefte med trær av fylogenetisk klassifisering ( ISBN 2-7011-4273-3 )
-
Richard Dawkins ( overs. Marie-France Desjeux), "Rendez-vous 37: Zone de brume" , i Once Upon a Time Our Ancestors: A History of Evolution [" The Ancestor's Tale "], Paris, Robert Laffont ,2007, 798 s. ( ISBN 978-2-221-10505-4 ) , s. 625-630
-
Marc-André Selosse , “ Animal ou Végétal? : Et foreldet skille ”, Pour la Science , nr . 350,desember 2006, s. 66-72 ( ISSN 0153-4092 , les online [PDF] )
-
Marc-André Selosse , “Hva har blitt av dyr, planter og sopp? » , I Daniel Prat, Aline Raynal-Roques og Albert Roguenant (red.), Kan vi klassifisere de levende? : Linné og systematikk i dag , Paris, Belin ,2008, 437 s. ( ISBN 978-2-7011-4716-1 , leses online ) , s. 225-233
-
Marc-André Selosse , “ eksisterer planter fortsatt? ", Dossier Pour la Science , nr . 77" Uvanlige planter: Plantenes ubegrensede oppfinnsomhet ",Oktober-desember 2012, s. 8-13 ( ISSN 1246-7685 , les online [PDF] )
-
Philippe Silar , eukaryote protister: Opprinnelse, evolusjon og biologi av eukaryote mikrober , Lyon, HAL ,januar 2016, 472 s. ( ISBN 978-2-9555841-0-1 , online presentasjon , les online [PDF] )
-
(en) Sandra L. Baldauf , “ The Deep Roots of Eukaryotes ” , Science , vol. 300, n o 5626,13. juni 2003, s. 1703-1706 ( ISSN 0036-8075 , DOI 10.1126 / science.1085544 , abstrakt )
-
(in) Alastair GB Simpson og Andrew J. Roger , " The real 'kingdoms' of eukaryotes " , Current Biology , Vol. 14, n o 177. september 2004, R693-R696 ( ISSN 0960-9822 , DOI 10.1016 / j.cub.2004.08.038 , les online )
-
(en) Patrick J. Keeling , “ Diversity and evolutionary history of plastids and their hosts ” , American Journal of Botany , vol. 91, n o 101 st oktober 2004, s. 1481-1493 ( ISSN 0002-9122 , DOI 10.3732 / ajb.91.10.1481 , les online )
-
(in) Patrick J. Keeling , Gertraud Burger , G. Dion Durnford , B. Franz Lang , Robert W Lee , Ronald E. Pearlman , Andrew J. Roger og Michael W. Gray , " The eukaryotes tree " , Trender i Ecology & Evolution , vol. 20, n o 12desember 2005, s. 670-676 ( ISSN 0169-5347 , DOI 10.1016 / j.tree.2005.09.005 , sammendrag , les online [PDF] )
-
(en) Johanna Fehling , Diane Stoecker og Sandra L. Baldauf , “Chapter 6: Photosynthesis and the Eukaryote Tree of Life” , i Paul G. Falkowski og Andrew H. Knoll (red.), Evolution of Primary Producers in the Sea , Boston, Elsevier Academic Press ,2007, xiii + 441 s. ( ISBN 978-0-12-370518-1 ) , s. 75-107
-
(en) Sandra L. Baldauf , “ En oversikt over fylogeni og mangfold av eukaryoter ” , Journal of Systematics and Evolution , vol. 46, n o 3,18. mai 2008, s. 263-273 ( ISSN 0529-1526 , DOI 10.3724 / SP.J.1002.2008.08060 , sammendrag , les online [PDF] )
-
(i) Andrew J. Roger og Alastair GB Simpson , " Evolution: Revisiting the Root of the Tree Eukaryote " , Current Biology , Vol. 19, n o 4,24. februar 2009, R165-R167 ( ISSN 0960-9822 , DOI 10.1016 / j.cub.2008.12.032 , les online )
-
(i) Eugene V. Koonin , " The Incredible Expanding Ancestor of Eukaryotes " , Cell , vol. 140, n o 5,5. mars 2010, s. 607-610 ( ISSN 0092-8674 , DOI 10.1016 / j.cell.2010.02.022 , les online )
-
(en) Giselle Walker , Richard G. Dorrell , Alexander Schlacht og Joel B. Dacks , “ Eukaryotic systematics: a user's guide for cell biologists and parasitologists ” , Parasitology , vol. 138, n o 13november 2011, s. 1638-1663 ( ISSN 0031-1820 , DOI 10.1017 / S0031182010001708 , les online )
-
(no) Giselle Walker, Richard G. Dorrell, Alexander Schlacht og Joel B. Dacks, “ The Eukaryotes in 2011: The groups, their defining features, and the literature ” , på Cambridge Journals Online ,2011(åpnet 22. mars 2013 )
-
-
(i) januar Pawlowski , " The new micro-kingdoms of eukaryotes " , BMC Biology , vol. 11, n o 40,15. april 2013( ISSN 1741-7007 , DOI 10.1186 / 1741-7007-11-40 , les online )
-
(i) Alastair GB Simpson og Yana Eglit , "Protist diversification" i Richard M. Kliman (red.), Encyclopedia of evolutionary biology , vol. 3, Amsterdam , Elsevier ,3. mars 2017( 1 st ed. 2016), 504 s. ( ISBN 978-0-12-800426-5 , DOI 10.1016 / B978-0-12-800049-6.00247-X , abstrakt ) , s. 344–360
-
(i) Alastair G B. Simpson , Claudio H. Slamovits og John M. Archibald , "Protist Diversity and Eukaryote Phylogeny" , i John M. Archibald, Alastair GB Simpson, Claudio H. Slamovits, Lynn Margulis , Michael Melkonian, David J. Chapman og John O. Corliss (red.), Protistens håndbok , Basel , Cham , Springer International Publishing ,29. mars 2017, 2 nd ed. , 1630 s. ( ISBN 978-3-319-32669-6 , DOI 10.1007 / 978-3-319-32669-6_45-1 , abstrakt ) , s. 1-21
-
(en) Sina M. Adl, David Bass, Christopher E. Lane, Julius Lukeš, Conrad L. Schoch, Alexey Smirnov, Sabine Agatha, Ceric Berney, Matthew W. Brown, Fabien Burki, Paco Cárdenas, Ivan Čepička , Ludmila Chistyakova, Javier del Campo, Micah Dunthorn, Bente Edvardsen, Yana Eglit, Laure Guillou, Vladimír Hampl, Aaron A. Heiss, Mona Hoppenrath, Timothy Y. James, Sergey Karpov, Eunsoo Kim, Martin Kolisko, Alexander Kudryavtsev, Daniel JG Lahr, Enrique Lara, Line Le Gall, Denis H. Lynn, David G. Mann, Ramon Massana i Molera, Edward AD Mitchell, Christine Morrow, Jong Soo Park, Jan W. Pawlowski, Martha J. Powell, Daniel J. Richter, Sonja Rueckert, Lora Shadwick, Satoshi Shimano, Frederick W. Spiegel, Guifré Torruella i Cortes, Noha Youssef, Vasily Zlatogursky, Qianqian Zhang, “ Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes ” , Journal of Eukaryotic Microbiology , vol. 66, n o 1,Januar-februar 2019, s. 4-119 ( ISSN 1066-5234 , DOI 10.1111 / jeu.12691 , les online )
-
(no) Patrick J. Keeling og Fabien Burki , “ Progress towards the Tree of Eukaryotes ” , Current Biology , vol. 29, n o 1619. august 2019, R808-R817 ( ISSN 0960-9822 , DOI 10.1016 / j.cub.2019.07.031 , sammendrag , les online [PDF] )
-
(i) David J. Patterson, Mitchell L. Sogin, " Eukaryotes: Eukaryota, Organisms with nucleated cells " på The Tree of Life Web Project ,2000(åpnet 4. februar 2013 )
-
(i) Patrick J. Keeling, Brian S. Leander og Alastair GB Simpson, " Eukaryotes: Eukaryota, Organisms with nucleated celler " på The Tree of Life Web Project ,2009(åpnet 4. februar 2013 )
-
(no) Fabien Burki , “ The Eukaryotic Tree of Life from a Global Phylogenomic Perspective ” , Cold Spring Harbour Perspectives in Biology , vol. 6, n o 5,Mai 2014, a016147 ( ISSN 1943-0264 , DOI 10.1101 / cshperspect.a016147 , les online )
-
-
(en) Hisayoshi Nozaki , Shinichiro Maruyama , Motomichi Matsuzaki , Takashi Nakada , Syou Kato og Kazuharu Misawa , “ Fylogenetiske posisjoner av Glaucophyta, grønne planter (Arplastida) og Haptophyta (Chromalveolata) som sakte utledes fra evolving nuclear genes ” , Molecular Phylogenetics and Evolution , vol. 53, n o 3,desember 2009, s. 872-880 ( ISSN 1055-7903 , DOI 10.1016 / j.ympev.2009.08.015 , abstrakt )
-
(en) Thomas Cavalier-Smith , “ Kingdoms Protozoa and Chromista and the eozoan root of the eukaryotic tree ” , Biology Letters , vol. 6, n o 3,23. juni 2010, s. 342-345 ( ISSN 1744-9561 , DOI 10.1098 / rsbl.2009.0948 , les online )
-
(en) Thomas Cavalier-Smith , “ Supplerende materiale for: Kingdoms Protozoa and Chromista and the eozoan root of the eukaryotic tree ” , på Biology Letters ,2010(åpnet 9. april 2013 )
-
(en) Thomas Cavalier-Smith , Ema E. Chao , Alexandra Stechmann , Brian Oates og Sergei Nikolaev , “ Planomonadida ord. nov. (Apusozoa): Ultrastrukturell affinitet med Micronuclearia podoventralis og Deep Divergences within Planomonas gen. nov. ” , Protist , vol. 159, nr . 4,21. oktober 2008, s. 535-562 ( ISSN 1434-4610 , DOI 10.1016 / j.protis.2008.06.002 , sammendrag )
-
(i) Marianne A. Minge , Jeffrey D. Silberman , JS Russell Orr , Thomas Cavalier-Smith , Kamran Shalchian-Tabrizi , Fabien Burki , Åsmund Skjæveland og Kjetill S. Jakobsen , " Evolutionary position of amoebae and the briefiate primary eukaryote divergence ” , Philosophical Transactions of the Royal Society B , vol. 276, n o 1657,22. februar 2009, s. 597-604 ( ISSN 0962-8436 , DOI 10.1098 / rspb.2008.1358 , les online )
-
(en) Thomas Cavalier-Smith og Ema E. Chao , " Phylogeny and Evolution of Apusomonadida (Protozoa: Apusozoa): New Genera and Species " , Protist , vol. 161, nr . 4,oktober 2010, s. 549-576 ( ISSN 1434-4610 , DOI 10.1016 / j.protis.2010.04.002 , sammendrag )
-
Hervé Philippe , Agnès Germot , Hervé Le Guyader og André Adoutte , “ Hva vet vi om evolusjonær historie til eukaryoter? : 1. Det universelle livets tre og vanskeligheter med fylogenetisk rekonstruksjon ”, Revue medicine / sciences , Société Française de Génétique, vol. 11, n o 8,August 1995, s. I-XIII ( ISSN 0767-0974 , DOI 10.4267 / 10608/2438 , les online [PDF] )
-
André Adoutte , Agnès Germot , Hervé Le Guyader og Hervé Philippe , “ Hva vet vi om evolusjonær historie til eukaryoter? : 2. Fra diversifisering av protister til stråling av flercellede celler ”, Revue medicine / sciences , Société Française de Génétique, vol. 12, n o toFebruar 1996, s. I-XIX ( ISSN 0767-0974 , DOI 10.4267 / 10608/2045 , les online [PDF] )
-
Peter Hamilton Raven , Georges Brooks Johnson , Kenneth A. Mason , Jonathan B. Losos og Susan S. Singer ( overs. Jules Bouharmont, Pierre L. Masson og Charles Van Hove), "Kapittel 29: Protistene" , in Biologie [“ Biology, 9. utgave ”], Brussel, De Boeck Supérieur ,2011, 2 nd ed. ( 1 st ed. 2007), XXVI + + 1279 [88] s. ( ISBN 978-2-8041-6305-1 ) , s. 568-587
-
(i) David J. Patterson , " The Diversity of Eukaryotes " , The American Naturalist , vol. 154 [Supplement, vol. 65], n o S4,Oktober 1999, S96-S124 ( ISSN 0003-0147 , PMID 10527921 , DOI 10.1086 / 303287 , JSTOR 10.1086 / 303287 , sammendrag , les online [PDF] )
-
(i) David J. Patterson, " The Lineages of Eukaryotes " på The Tree of Life Web Project ,2000(åpnet 4. februar 2013 )
-
(i) Alastair GB Simpson og David J. Patterson , "Chapter 1: Current perspectives on high-level groupings of protists" , i Laura A. Katz og Debashish Bhattacharya (red.), Genomics and Evolution of Microbial Eukaryotes , Oxford , New York, Oxford University Press ,2006, xi + 243 s. ( ISBN 978-0-19-856974-9 ) , s. 7-30
-
(en) Igor B. Rogozin , Malay Kumar Basu , Miklós Csürös og Eugene V. Koonin , “ Analyse av sjeldne genomiske endringer støtter ikke Unikont - Bikont fylogeni og foreslår cyanobakteriell symbiose som poenget med primær stråling av Eukaryoter ” , Genome Biology and Evolution , vol. 1,25. mai 2009, s. 99-113 ( ISSN 1759-6653 , DOI 10.1093 / gbe / evp011 , les online )
-
(in) Eugene V. Koonin , " The Origin and Early Evolution of eukaryotes in the light of Phylogenomics " , Genome Biology , vol. 11, n o 5,5. mai 2010, s. 209 ( ISSN 1465-6906 , DOI 10.1186 / gb-2010-11-5-209 , les online )
-
(in) Roman Derelle og B. Franz Lang , " Rooting the Eukaryotic Tree with Mitochondrial and Bacterial Proteins " , Molecular Biology and Evolution , vol. 29, n o 4,april 2012, s. 1277-1289 ( ISSN 0737-4038 , DOI 10.1093 / molbev / msr295 , les online )
-
(i) Laura A. Katz , Jessica R. Grant , Laura Wegener Parfrey og J. Gordon Burleigh , " Turning the crown upside down: Gene tree roots parsimony the eukaryotic tree of life " , Systematic Biology , vol. 61, n o 4,Juli 2012, s. 653-660 ( ISSN 1063-5157 , DOI 10.1093 / sysbio / sys026 , les online )
-
(i) Jeremy G. Wideman , Ryan R. Gawryluk Michael W. Gray og Joel B. Dacks , " The Ancient and Widespread Nature of the ER-Mitochondria Structure Encounter " , Molecular Biology and Evolution , vol. 30, n o 9,September 2013, s. 2044-2049 ( ISSN 0737-4038 , DOI 10.1093 / molbev / mst120 , les online )
-
(in) Ding He , Omar Fiz-Palacios , Cheng Jie Fu , Johanna Fehling , Chun-Chieh Tsai og Sandra L. Baldauf , " An Alternative Root for the Eukaryote Tree of Life " , Current Biology , Vol. 24, n o 4,17. februar 2014, s. 465-470 ( ISSN 0960-9822 , DOI 10.1016 / j.cub.2014.01.036 , sammendrag , les online )
-
(in) Tom A. Williams , " Evolution: Rooting the Eukaryotic Tree of Life " , Current Biology , Vol. 24, n o 4,17. februar 2014, R151-R152 ( ISSN 0960-9822 , DOI 10.1016 / j.cub.2014.01.026 , les online )
-
(in) Roman Derelle , Guifré Torruella Vladimír Klimeš , Henner Brinkmann , Eunsoo Kim , Čestmír Vlček , B. Franz Lang og Marek Eliáš , " Bakterielle proteiner angir en enkelt eukaryot rot " , Proceedings of the National Academy of Sciences i USA of America , vol. 112, n o 7,17. februar 2015, E693-E699 ( ISSN 0027-8424 , DOI 10.1073 / pnas.1420657112 , les online )
-
(i) Dave Speijer Julius Lukeš Marek Eliáš , " Sex er en allestedsnærværende, gamle, og iboende egenskap av eukaryote livet " , Proceedings of the National Academy of Sciences , vol. 112, n o 2921. juli 2015, s. 8827-8834 ( ISSN 0027-8424 , DOI 10.1073 / pnas.1501725112 , les online )
-
(no) Alexandra Stechmann og Thomas Cavalier-Smith , " Rooting the Eukaryote Tree by Using a Derived Gene Fusion " , Science , vol. 297, n o 5578,5. juli 2002, s. 89-91 ( ISSN 0036-8075 , PMID 12098695 , DOI 10.1126 / science.1071196 , abstrakt )
-
(i) Andrew J. Roger og Jeffrey D. Silberman , " Cell Evolution: Mitochondria in hiding " , Nature , vol. 418, n o 690022. august 2002, s. 827-829 ( ISSN 0028-0836 , DOI 10.1038 / 418827a , sammendrag )
-
(i) Alastair GB Simpson og Andrew J. Roger , " Eukaryotic Evolution: Getting to the Root of the Problem " , Current Biology , Vol. 12, n o 2015. oktober 2002, R691-R693 ( ISSN 0960-9822 , DOI 10.1016 / S0960-9822 (02) 01207-1 , les online )
-
(no) Alexandra Stechmann og Thomas Cavalier-Smith , “ Roten til eukaryotreet identifiserte ” , Current Biology , vol. 13, nr . 17,2. september 2003, R665-R666 ( ISSN 0960-9822 , DOI 10.1016 / S0960-9822 (03) 00602-X , les online )
-
(i) Nobuko Arisue , Masami Hasegawa og Tetsuo Hashimoto , " Root of the Tree Eukaryota as Inferred from Combined Maximum Likelihood Analysis of Multiple Molecular Sequence Data " , Molecular Biology and Evolution , vol. 22, n o 3,Mars 2005, s. 409-420 ( ISSN 0737-4038 , DOI 10.1093 / molbev / msi023 , les online )
-
(i) Alastair GB Simpson , Yuji Inagaki og Andrew J. Roger , " Comprehensive multigenene fylogenies of the Excavate Protists Reveal Evolutionary positions of '' primitive '' Eukaryotes " , Molecular Biology and Evolution , vol. 23 n o 3,Mars 2006, s. 615-625 ( ISSN 0737-4038 , DOI 10.1093 / molbev / msj068 , les online )
-
(i) Patrick J. Keeling , " Deep Questions in the Tree of Life " , Science , vol. 317, n o 5846,28. september 2007, s. 1875-1876 ( ISSN 0036-8075 , DOI 10.1126 / science.1149593 , sammendrag , les online [PDF] )
-
(i) Charles F. Delwiche , " Tracing the Thread of Plastid Diversity Through the Tapestry of Life " , The American Naturalist , vol. 154 [Supplement, vol. 65], n o S4,Oktober 1999, S164-S177 ( ISSN 0003-0147 , PMID 10527925 , DOI 10.1086 / 303291 , sammendrag , les online [PDF] )
-
(i) Jeffrey D. Palmer , " Den symbiotiske fødselen og spredningen av plastider: hvor mange ganger og Whodunit? ” , Journal of Phycology , vol. 39, n o 1,7. februar 2003, s. 4-11 ( ISSN 0022-3646 , DOI 10.1046 / j.1529-8817.2003.02185.x , sammendrag , les online [PDF] )
-
(i) Adrian Reyes-Prieto , Andreas PM Weber og Debashish Bhattacharya , " The Origin and Establishment of the Plastid in Alger and Plants " , Annual Review of Genetics , vol. 41,desember 2007, s. 147-68 ( ISSN 0066-4197 , PMID 17600460 , DOI 10.1146 / annurev.genet.41.110306.130134 , sammendrag )
-
(i) Sven B. Gould , Ross F. Waller og Geoffrey I. McFadden , " Plastid Evolution " , Annual Review of Plant Biology , vol. 59,juni 2008, s. 491-517 ( ISSN 1543-5008 , DOI 10.1146 / annurev.arplant.59.032607.092915 , sammendrag )
-
(i) John M. Archibald , " The Puzzle of Plastid Evolution " , Current Biology , Vol. 19, n o to27. januar 2009, R81-R88 ( ISSN 0960-9822 , DOI 10.1016 / j.cub.2008.11.067 , les online )
-
Marc-André Selosse , “ Utviklingen av endosymbiotiske genomer: Fordelen med å være liten? », Biofutur , vol. 28 n o 299Mai 2009, s. 28-32 ( ISSN 0294-3506 , les online [PDF] )
-
(in) Patrick J. Keeling , " The endosymbiotic origin, diversification and fate of plastids " , Philosophical Transactions of the Royal Society B , vol. 365, n o 1541,12. mars 2010, s. 729-748 ( ISSN 0962-8436 , DOI 10.1098 / rstb.2009.0103 , les online )
-
(in) Patrick J. Keeling , " The Number, Speed, and Impact of Plastid endosymbioses in Eukaryotic Evolution " , Annual Review of Plant Biology , vol. 64,April 2013, s. 583-607 ( ISSN 1543-5008 , DOI 10.1146 / annurev-arplant-050312-120144 , sammendrag , les online [PDF] )
-
-
(in) Eunsoo Kim og Linda E. Graham , " EEF2 Analysis Challenges and the monophyly of Archaeplastida Chromalveolata " , PLoS One , vol. 3, n o 7,juli 2008, e2621 ( ISSN 1932-6203 , DOI 10.1371 / journal.pone.0002621 , les online )
-
(i) Shinichiro Maruyama , Motomichi Matsuzaki , Kazuharu Misawa og Hisayoshi Nozaki , " cyanobacterial bidrag til genomene til de plastid-mangler protister " , BMC Evolutionary Biology , vol. 9, nr . 197,11. august 2009( ISSN 1471-2148 , DOI 10.1186 / 1471-2148-9-197 , les online )
-
(en) Denis Baurain , Henner Brinkmann , Jörn Petersen , Naiara Rodríguez-Ezpeleta , Alexandra Stechmann , Vincent Demoulin , Andrew J. Roger , Gertraud Burger , B. Franz Lang og Hervé Philippe , “ Phylogenomic Evidence for Separate Acquisition of Plastider i kryptofytter, haptofytter og stramenopiler ” , Molecular Biology and Evolution , vol. 27, n o 7,juli 2010, s. 1698-1709 ( ISSN 0737-4038 , DOI 10.1093 / molbev / msq059 , les online )
-
(i) Laura Wegener Parfrey , Erika Barbero , Elyse Lasser , Micah Dunthorn , Debashish Bhattacharya , David J. Patterson og Laura A. Katz , " Evaluating Support for the Current Classification of Eukaryotic Diversity " , PLoS Genetics , vol. 2, n o 1222. desember 2006, e220 ( ISSN 1553-7390 , PMID 17194223 , PMCID 1713255 , DOI 10.1371 / journal.pgen.0020220 , les online )
-
(en) Hwan Su Yoon , Jessica Grant , Yonas I. Tekle , Min Wu , Benjamin C. Chaon , Jeffrey C. Cole , John M. Logsdon Jr. , David J. Patterson , Debashish Bhattacharya og Laura A. Katz , “ Broadly sampled multigene trees of eukaryotes ” , BMC Evolutionary Biology , vol. 8, nr . 14,18. januar 2008( ISSN 1471-2148 , DOI 10.1186 / 1471-2148-8-14 , les online )
-
(i) Yonas I. Takla , Laura Wegener Parfrey og Laura A. Katz , " Molecular Data is Transforming Hypotheses on the Origin and Diversification of Eukaryotes " , Bioscience , Vol. 59, n o 6,Juni 2009, s. 471-481 ( ISSN 0006-3568 , PMCID 2938078 , DOI 10.1525 / bio.2009.59.6.5 , JSTOR 10.1525 / bio.2009.59.6.5 , les online )
-
(i) Laura Wegener Parfrey , Jessica Grant , I. Yonas Tekle , Erica Lasek-Nesselquist Hilary G. Morrison , Mitchell L. Sogin , David J. Patterson og Laura A. Katz , " Broadly Sampled multigene Analyses Yield has Well-Resolved Eukaryotic Tree of Life ” , Systematic Biology , vol. 59, n o 5,oktober 2010, s. 518-533 ( ISSN 1063-5157 , DOI 10.1093 / sysbio / syq037 , les online )
-
(en) Hisayoshi Nozaki , Motomichi Matsuzaki , Manabu Takahara , Osami Misumi , Haruko Kuroiwa , Masami Hasegawa , Tadasu Shin-i , Yuji Kohara , Naotake Ogasawara og Tsuneyoshi Kuroiwa , “ The fylogenetic position of Red Algae kjernegener fra mitokondriholdige eukaryoter og en alternativ hypotese om opprinnelsen til plastider ” , Journal of Molecular Evolution , vol. 56, n o 4,April 2003, s. 485-497 ( ISSN 0022-2844 , DOI 10.1007 / s00239-002-2419-9 , sammendrag )
-
(i) Jeremiah D. Hackett , Hwan Su Yoon , Shenglan Li , Adrian Reyes-Prieto , Susanne E. Rümmele og Debashish Bhattacharya , " fylogenomic Analysis supports the monophyly of Cryptophyta and haptophytes and the Association of Rhizaria with Chromalveolates " , Molecular Biology og Evolusjon , vol. 24, n o 8,august 2007, s. 1702-1713 ( ISSN 0737-4038 , DOI 10.1093 / molbev / msm089 , les online )
-
(en) Fabien Burki , Kamran Shalchian-Tabrizi , Marianne Minge , Åsmund Skjæveland , Sergey I. Nikolaev , Kjetill S. Jakobsen og Jan Pawlowski , “ Phylogenomics reshuffles the eukaryotic supergroups ” , PLoS One , vol. 2, n o 8,29. august 2007, e790 ( ISSN 1932-6203 , PMID 17726520 , PMCID 1949142 , DOI 10.1371 / journal.pone.0000790 , les online )
-
(i) Vladimir Hampl , Laura Hug , Jessica W. Leigh , Joel B. Dacks , B. Franz Lang , Alastair GB Simpson og Andrew J. Roger , " fylogenomiske analyser som støtter monofylen av Excavata og løser forholdet mellom eukaryote" supergrupper " ” , Proceedings of the National Academy of Sciences i De forente stater , vol. 106, n o 1010. mars 2009, s. 3859-3864 ( ISSN 0027-8424 , DOI 10.1073 / pnas.0807880106 , les online )
-
(no) Fabien Burki , Kamran Shalchian-Tabrizi og Jan Pawlowski , " Fylogenomics avslører en ny" megagroup "inkludert de fleste fotosyntetiske eukaryoter " , Biology Letters , vol. 4, n o 4,23. august 2008, s. 366-369 ( ISSN 1744-9561 , PMCID 2610160 , DOI 10.1098 / rsbl.2008.0224 , les online )
-
(en) Sen Zhao , Fabien Burki , Jon Bråte , Patrick J. Keeling , Dag Klaveness and Kamran Shalchian-Tabrizi , “ Collodictyon - An Ancient Lineage in the Tree of Eukaryotes ” , Molecular Biology and Evolution , vol. . 29, n o 6,Juni 2012, s. 1557-1568 ( ISSN 0737-4038 , PMID 22319147 , PMCID 3351787 , DOI 10.1093 / molbev / mss001 , les online )
-
(en) Thomas Cavalier-Smith , “ A revised six-kingdom system of life ” , Biological Reviews , vol. 73, n o 3,1 st august 1998, s. 203-266 ( ISSN 1464-7931 , DOI 10.1111 / j.1469-185X.1998.tb00030.x , sammendrag )
-
(en) Thomas Cavalier-Smith , “ Protist fylogeny and the high-level klassifisering av Protozoa ” , European Journal of Protistology , vol. 39, n o 4,2003, s. 338-348 ( ISSN 0932-4739 , DOI 10.1078 / 0932-4739-00002 , sammendrag )
-
(in) Thomas Cavalier-Smith , " Only six kingdoms of life " , Philosophical Transactions of the Royal Society B , vol. 271, n o 154522. juni 2004, s. 1251-1262 ( ISSN 0962-8436 , DOI 10.1098 / rspb.2004.2705 , les online [PDF] )
-
(en) Fabien Burki , Yuji Inagaki , Jon Bråte , John M. Archibald , Patrick J. Keeling , Thomas Cavalier-Smith , Miako Sakaguchi , Tetsuo Hashimoto , Ales Horak , Surendra Kumar , Dag Klaveness , Kjetill S. Jakobsen , Jan Pawlowski og Kamran Shalchian-Tabrizi , " Fylogenomiske analyser i stor skala avslører at to enigmatiske protestlinjer, telonemi og sentroheliozoer, er relatert til fotosyntetiske kromalveolater " , Genome Biology and Evolution , vol. 1,27. juli 2009, s. 231-238 ( ISSN 1759-6653 , PMID 20333193 , PMCID 2817417 , DOI 10.1093 / gbe / evp022 , les online )
-
(i) Noriko Okamoto , Chitchai Chantangsi Aleš Horáks , Brian S. Leander og Patrick J. Keeling , " Molecular Fylogeni og beskrivelse av Novel Katablepharid Roombia truncata gen. og sp. nov., og Etablering av Hacrobia Taxon nov ” , PLoS ONE , vol. 4, n o 9,17. september 2009, e7080 ( ISSN 1932-6203 , PMID 19759916 , PMCID 2741603 , DOI 10.1371 / journal.pone.0007080 , les online )
-
(no) Fabien Burki , Noriko Okamoto , Jean-François Pombert og Patrick J. Keeling , “ The evolutionary history of haptophytes and cryptophytes: Phylogenomic evidence for separate origins ” , Proceedings of the Royal Society B , vol. 279, nr . 17367. juni 2012, s. 2246-2254 ( ISSN 0962-8452 , DOI 10.1098 / rspb.2011.2301 , les online )
-
(i) Denis H. Lynn , " Protist Systematics " , Encyclopedia of Life Sciences (eLS) , Chichester , John Wiley & Sons Ltd , 2 E- serien,15. januar 2014( ISBN 978-0-470-01590-2 , ISSN 1476-9506 , DOI 10.1002 / 9780470015902.a0003153.pub2 , abstrakt )
-
(i) januar Pawlowski , " protoktister Evolution og Fylogeni " , Encyclopedia of Life Sciences (ELS) , Chichester , John Wiley & Sons Ltd , 2 E -serien,17. mars 2014( ISBN 978-0-470-01590-2 , ISSN 1476-9506 , DOI 10.1002 / 9780470015902.a0001935.pub2 , abstrakt )
-
(i) Charles-François Boudouresque , "Chapter 7: Taxonomy and phylogeny of unicellular Eukaryotes" , i Jean-Claude Bertrand, Pierre Caumette Philippe Lebaron, Robert Matheron, Philippe Normand og Telesphore Sime-Ngando (red.), Miljømikrobiologi : Fundamentals and Applications ["Mikrobiell økologi: Mikrobiologi i antropiserte naturlige miljøer"], Dordrecht , Heidelberg , New York, London, Springer ,2015, 953 s. ( ISBN 978-94-017-9117-5 , DOI 10.1007 / 978-94-017-9118-2 ) , s. 191-257
-
(in) Matthew W. Brown , Aaron A. Heiss , Ryoma Kamikawa , Yuji Inagaki , Akinori Yabuki , Alexander K. Tice , Takashi Shiratori , Ken-Ichiro Ishida og Tetsuo Hashimoto , " Phylogenomics Places Orphan Protistan Lineages in a Novel Eukaryotic Super -Gruppe ” , Genome Biology and Evolution , vol. 10, n o to19. januar 2018, s. 427–433 ( ISSN 1759-6653 , PMID 29360967 , PMCID 5793813 , DOI 10.1093 / gbe / evy014 , les online )
-
(i) Fabien Burki , Andrew J. Roger , Matthew W. Brown og Alastair GB Simpson , " The New Tree of Eukaryotes " , Trends in Ecology & Evolution , vol. 35, n o 1,januar 2020, s. 43-55 ( ISSN 0169-5347 , DOI 10.1016 / j.tree.2019.08.008 , les online )
Finne ut mer
: dokument brukt som kilde til denne artikkelen.
Referansebibliografiske kilder
På eukaryoter generelt
- Cheong Xin Chan, Eun Chan Yang, Titas Banerjee, Hwan Su Yoon, Patrick T. Martone, José M. Estevez og Debashish Bhattacharya: "Red and Green Algal Monophyly and Extensive Gen Sharing Found in a Rich Repertoire of Red Algal Genes" , Current Biology , vol. 21, 2011, s. 328–333
- Thomas Cavalier-Smith: “Kingdoms Protozoa and Chromista and the eozoan root of the eukaryotic tree” , Biol. Lett. , flygning. 6, nr. 3, 2010, s. 342–345, og dens supplement
- Vladimir Hampl, Laura Hug, Jessica W. Leigh, Joel B. Dacks, B. Franz Lang, Alastair GB Simpson og Andrew J. Roger, "Fylogenomiske analyser støtter monofylen til Excavata og løser forholdet mellom eukaryote" supergrupper "" , PNAS , flygning. 106, nr. 10, 2009, s. 3859-3864
- Hisayoshi Nozaki, Shinichiro Maruyama, Motomichi Matsuzaki, Takashi Nakada, Syou Kato og Kazuharu Misawa: “Fylogenetiske posisjoner av Glaucophyta, grønne planter (Archaeplastida) og Haptophyta (Chromalveolata) som utledet fra sakte utviklende kjernegener, Mol. Fylog. Evol. , flygning. 53, nr. 3, 2009, s. 872–880
- Fabien Burki, Kamran Shalchian-Tabrizi og Jan Pawlowski: "Fylogenomics avslører en ny" megagroup "inkludert de fleste fotosyntetiske eukaryoter" , Biol. Lett. , flygning. 4, 2008, s. 366-369
- Sandra L. Baldauf: “En oversikt over fylogeni og mangfold av eukaryoter” , Journal of Systematics and Evolution , vol. 46, nr. 3, 2008, s. 263–273
- Hwan Su Yoon, Jessica Grant, Yonas I. Tekle, Min Wu, Benjamin C. Chaon, Jeffrey C. Cole, John M. Logsdon Jr., David J. Patterson, Debashish Bhattacharya og Laura A. Katz (2008) “ Bredt samplet multigene trær av eukaryoter ”, BMC Evolutionary Biology , 8:14
- Johanna Fehling, Diane Stoecker og Sandra L. Baldauf (2007) " Fotosyntese og livets eukaryote tre " ( Arkiv • Wikiwix • Archive.is • Google • Hva skal jeg gjøre? ) , I PG Falkowski og AH Knoll, Evolution of Primary Producers i havet , Elsevier, Boston, pp. 75–107
- Jeremiah D. Hackett, Hwan Su Yoon, Shenglan Li, Adrian Reyes-Prieto, Susanne E. Rümmele og Debashish Bhattacharya (2007) “ Phylogenomic Analysis Supports the Monophyly of Cryptophytes and Haptophytes and the Association of Rhizaria with Chromalveolates ”, Mol. Biol. Evol. 24 (8), s. 1702–1713
- Fabien Burki, Kamran Shalchian-Tabrizi, Marianne Minge, Åsmund Skjæveland, Sergey I. Nikolaev, Kjetill S. Jakobsen, Jan Pawlowski (2007) “ Phylogenomics Reshuffles the Eukaryotic Supergroups ”, PLoS One 2 (8): e790
- Laura Wegener Parfrey, Erika Barbero, Elyse Lasser, Micah Dunthorn, Debashish Bhattacharya, David J. Patterson, Laura A. Katz (2006) “ Evaluating Support for the Current Classification of Eukaryotic Diversity ”, PLoS Genet 2 (12): e220
- Sina M. Adl, Alastair GB Simpson, Mark A. Farmer, Robert A. Andersen, Roger Anderson, John R. Barta, Samuel S. Bowser, Guy Brugerolle, Robert A. Fensome, Suzanne Fredericq, Timothy Y. James, Sergei Karpov , Paul Kugrens, John Krug, Christopher E. Lane, Louise A. Lewis, Jean Lodge, Denis H. Lynn, David G. Mann, Richard M. McCourt, Leonel Mendoza, Øjvind Moestrup, Sharon E. Mozley-Standridge, Thomas A Nerad, Carol A. Shearer, Alexey V. Smirnov, Frederick W. Spiegel og Max FJR Taylor (2005) “ The New Higher Level Classification of Eukaryotes ”, J. Eukaryot. Microbiol. , 52 (5), s. 399-451
- Hwan Su Yoon, Jeremiah D. Hackett, Claudia Ciniglia, Gabriele Pinto og Debashish Bhattacharya (2004) “ En molekylær tidslinje for opprinnelsen til fotosyntetiske eukaryoter ”, Mol. Biol. Evol. 21 (5) s. 809-818
- Hisayoshi Nozaki et alii (2003) "Den fylogenetiske posisjonen til røde alger avslørt av flere nukleære gener fra mitokondrierholdige eukaryoter og en alternativ hypotese om opprinnelsen til plastider", J. Mol. Evol. 56 s. 485-497
- Thomas Cavalier-Smith (2002) " Den fagotrofiske opprinnelsen til eukaryoter og fylogenetisk klassifisering av Protozoer ", International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology , 52, s. 297–354
- Sandra L. Baldauf, AJ Roger, I. Wenk-Siefert og WF Doolittle (2000) “ A Kingdom-Level Phylogeny of Eukaryotes Based on Combined Protein Data ”, Science (290), s. 972-977
- Thomas Cavalier-Smith (1998) “A revised six-kingdom system of life”, Biological reviews 73, s. 203-266
- Thomas Cavalier-Smith (1993) “ Kingdom Protozoa and Its 18 Phyla ”, Microbiological Reviews 57 (4), pp. 953–994
På Apusozoa
- Thomas Cavalier-Smith og Ema E. Chao: "Fylogeny and Evolution of Apusomonadida (Protozoa: Apusozoa): New Genera and Species" , Protist , vol. 161, nr. 4, 2010, s. 549–576
- Marianne A. Minge, Jeffrey D. Silberman, Russell JS Orr, Thomas Cavalier-Smith, Kamran Shalchian-Tabrizi, Fabien Burki, Åsmund Skjæveland og Kjetill S. Jakobsen: “Evolutionary position of briefiate amoebae and the primary eukaryote divergence” , Proc. R. Soc. B , vol. 276, 2009, s. 597–604
- Thomas Cavalier-Smith, Ema E. Chao, Alexandra Stechmann, Brian Oates og Sergei Nikolaev: “Planomonadida ord. nov. (Apusozoa): Ultrastrukturell affinitet med Micronuclearia podoventralis og Deep Divergences within Planomonas gen. nov. ” , Protist , vol. 159, nr. 4, 2008, s. 535–562
Andre bibliografiske kilder
- Richard Dawkins ( oversatt fra engelsk av Marie-France Desjeux), Once Upon a Time Our Ancestors: A History of Evolution [“ The Ancestor's Tale ”], Paris, Robert Laffont ,2007, 798 s. ( ISBN 978-2-221-10505-4 )
-
Guillaume Lecointre og Hervé Le Guyader , fylogenetisk klassifisering av levende ting , Paris, Belin ,2006, 3 e ed. ( 1 st ed. 2001), 559 s. , 1 vol. + 1 hefte med trær av fylogenetisk klassifisering ( ISBN 2-7011-4273-3 )
Internett-kilder
Relaterte artikler