Alvorlig akutt respiratorisk syndrom Coronavirus
SARS-CoV SARS-COV virus viruspartikler sett av scanning elektronmikroskopi . SARS-CoVDen corona av alvorlig akutt respiratorisk syndrom eller SARS-CoV (akronym for alvorlig akutt respiratorisk syndrom corona ) (noen ganger SARS-CoV-1 for å skille de gode fra den SARS-CoV-2 dukket opp i 2019 ) er det corona ansvarlig for de epidemiske av alvorlig akutt luftveissyndrom (SARS) som varte fra 2002 til 2004 . Det er en stamme av SARSr-CoV coronavirus-arten (for SARS- relatert coronavirus , eller "coronavirus knyttet til SARS " ). Denne smittsomme agenten ville ha dukket opp i november 2002 i provinsen Guangdong , i Kina . Mellom 1 st november 2002 og 31 august 2003 , hadde den virusinfiserte 8,096 mennesker i tretti land, forårsaker 774 dødsfall, hovedsakelig i Kina, Hong Kong , i Taiwan , og Sørøst-Asia .
Det er et RNA-virus enkelt kjede av polaritet positiv (gruppe IV av Baltimore klassifisering ) som tilhører den genre av Betacoronavirus . Dette innhyllede viruset har et genom som er omtrent 29,7 kilobaser langt , noe som er en av de største genomene blant RNA- virus . Vi identifiserte 13 gener som koder for 14 proteiner . Den 5'-UTR region har 265 nukleotider mens det 3'-UTR-regionen har 342. Som med andre coronavirus , er ekspresjonen av dette genomet begynner med transkripsjon av to store åpne leserammer ( ORF ), er angitt 1a og 1b, som begge som oversettes til polyproteiner .
Vi kjenner funksjonen til flere av disse proteinene. Den åpne leserammer 1a og 1b, som koder for RNA-polymerase av RNA-avhengig og fire store strukturelle proteiner: N-proteinet av nukleokapsid , piggen S-protein, M-protein- membran og E-proteinet av konvolutten . Det er også åtte såkalte tilbehørsproteiner, hvorav ingen har en kjent homolog . Funksjonen til disse tilleggsproteinene forblir uklar.
Den corona vanligvis uttrykker polyproteiner pp1a og pp1ab med åpne leserammer 1a og 1b. Disse polyproteinene blir deretter behandlet av enzymer kodet i ORF la. Blant proteinene som er resultatet av behandlingen av polyproteiner med disse enzymene, er det flere replikasjonsenzymer som en RNA-avhengig RNA-polymerase , en helicase og en peptidase . Coronavirusreplikasjonskomplekset er også ansvarlig for syntesen av forskjellige messenger-RNA nedstrøms for den åpne leserammen 1b, som gir strukturelle proteiner og tilleggsutstyr. To separate proteiner, 3CLpro og PL2pro, klyver store polyproteiner i 16 mindre underenheter . Dette genomet inneholder ikke et gen som koder for hemagglutininesterase , tilstede i klasse II koronavirus .
SARS-CoV består av et spiralformet nukleokapsid dannet av RNA- genomet som samhandler med proteiner kalt N. Dette nukleokapsidet er omgitt av et kapsid og en konvolutt, dannet av strukturproteinene E, M, S og av lipider fra virion spirende.
Opptar nesten to tredjedeler av genomet, replikase -genet inneholder to åpne leserammene , ORF 1a og 1b, som koder for to polyproteinene heter pp1a og pp1b. Uttrykket av pplb er avhengig av en -1 forskyvning av leserammen utført av ribosomet litt oppstrøms stoppkodonet til pp1a. Disse to polyproteinene blir deretter spaltet av to virale proteaser (3CLpro og PL2pro) for å gi forskjellige produkter, inkludert viral helikase og polymerase, samt en viss mengde ikke-strukturelle proteiner som for mange vil ha en rolle i genomet. replikering.
N-proteinet, for nukleokapsid, er et protein som finnes i både kjernen og cytoplasmaet, og som har blitt assosiert med flere funksjoner i SARS-CoV. Først og fremst assosierer det seg med viralt RNA under samling av virionen og tillater dermed innpakningen av genomet i det. Disse funksjonene er muliggjort av et RNA-bindende domene i den N-terminale delen og et domene som tillater assosiasjon av N til dimerer og andre former for selvassosiasjon. N binder seg også til forskjellige vertsproteiner, inkludert cyklofilin A (Cyp A) og ribonukleoprotein A1, noe som antyder en viktigere rolle enn bare viral struktur. I tillegg ville nukleokapsidproteinet være involvert i moduleringen av forskjellige cellulære signalveier ved å regulere ekspresjonen til visse aktører i disse banene, slik som ERK, MAPK eller JNK. Disse endringene inkluderer induksjon av apoptose så vel som omorganisering av cytoskelettet .
Protein EProtein E (konvolutt) er, som navnet antyder, hovedkomponenten i viral konvolutt. For å gjøre dette har den en meget hydrofob struktur, og denne karakteristikken kan tillate den å endre permeabiliteten til den infiserte cellen ved å danne porer på plasmamembranen . 76 aminosyrer lange, E er hovedsakelig lokalisert i endoplasmatisk retikulum , Golgi-apparatet og membranen i celler fra infiserte pattedyr.
M proteinMatriseproteinet er likt det som finnes i andre koronavirus, med et tre-passasjers transmembrandomene samt en lang karboksyterminal del som kan samhandle med kjerneproteinet. M-proteinet spiller en rolle i forsamlingen av viruset, uansett om det er innhyllet i prosessen eller ikke. Det er det proteinet som finnes mest på overflaten av virioner. Følgelig finnes antistoffer mot dette proteinet i pasientenes serum.
S-proteinProtein S (spicule) er et viralt fusjonsprotein i klasse I. I likhet med de andre medlemmene i denne klassen har denne to underenheter (kalt S1 og S2) og selvassosierte i trimere på overflaten av viruset. S1-underenheten gjenkjenner, som en fusjonsreseptor, angiotensin-2-konverteringsenzymet (ACE-2), men kan gjenkjenne andre reseptorer som type C lektin CD209L (L-SIGN), dette som kan forklare tropismen for ACE-2 negativ. celletyper. Denne assosiasjonen med cellereseptoren tillater innsetting av fusjonspeptidet som er tilstede på S2 og fører til at viruset kommer inn i cellen via fusjon mellom membranen og virushylsteret. Interaksjoner med forskjellige signalveier i vertscellen, inkludert induksjon av apoptose, inflammatorisk cytokinproduksjon og cyklooksygenase-2-ekspresjon, er også assosiert med S-proteinet. Det ser også ut til å være ansvarlig for nedreguleringen av ACE-2 etter virusinfeksjon. Det er også det viktigste proteininduserende antistoffet in vivo .
De andre ikke-strukturelle proteinene, eller nsp (for ikke-strukturelt protein) er koronavirale proteiner som ikke kreves for replikasjon in vitro, men deres bevaring på artsnivå antyder en rolle under viral replikasjon in vivo så vel som patogenese. Hos mennesker. SARS-CoV har flere nsps, men få av dem har en veldefinert funksjon.
Infeksjon av en ny vert med viruset skjer først gjennom luftveiene, ofte gjennom kontakt med infiserte sekreter eller aerosoler. Sporadiske tilfeller av luftbåren og fekal forurensning er rapportert. Tropismen til S-proteinet for ACE-2 tillater innføring av viruset i bronkiale epitelceller . Imidlertid kan denne infeksjonen ikke alene forklare de patologiske dataene som ble samlet inn under epidemien i 2003. Faktisk er det blitt identifisert skade på fordøyelses lymfoide vev, sekundære lymfoide organer og immunblodceller ( milt , lymfeknuter ) hos de fleste pasienter. Immunskade ser ut til å spille en viktig rolle i patogenesen av viruset, og et av de tidligste tegnene på SARS-infeksjon er lymfopeni , som kunne vært brukt som en diagnostisk og prognostisk markør under 2003-utbruddet, ettersom skade på immunforsvaret kunne forverres luftveissymptomer.
Skader på fordøyelsesepitel, lever og nyrer kan også forklare forekomsten av andre symptomer enn luftveier (diaré, hematuri ) hos mennesker med viruset, samt tilstedeværelsen av virus i urin og avføring.
Vertresponsen mot viruset involverer både medfødte og ervervede immunitetsgrener. Den ervervede grenen tillater produksjon av antistoffer via B-lymfocytter og ødeleggelse av infiserte celler via CD8 + T- lymfocytter. Antistoffene som nøytraliserer inngangen til viruset er hovedsakelig rettet mot proteinet S. Den medfødte responsen, spesielt formidlet av makrofager, komplement og interferoner, er fremfor alt involvert i den tidlige infeksjonsfasen. Flere koronavirus er i stand til å modulere denne responsen, og SARS-CoV ser ikke ut til å være et unntak.
Diagnostiske tester utføres ved å oppdage de forskjellige virale komponentene. Virus-RNA kan påvises i en prøve ved bruk av RT-PCR . Genene som oftest amplifiseres ved denne metoden er replikasekompleksgenet eller det fra nukleokapsiden. Påvisning av virale antigener i pasientsekresjoner kan gjøres med ELISA . Det vanligste virale antigenet var nukleokapsidet. En kombinasjon av tre antistoffer rettet mot dette proteinet ble brukt. Endelig er det mulig å oppdage antistoffer som gjenkjenner viruset, selv om denne metoden har noen ulemper: antistoffene vises relativt sent i sykdommen, og de kan vedvare i en periode i blodet til rekonvalesjonspasienter, noe som gjør det til en mindre spesifikk metode og langsommere. enn de andre.
Siden SARS-CoV er et virus, er antibiotika og bakteriofager uegnet: de behandler bare bakterielle patologier.
Siden helsepersonell aldri opplevde SARS-CoV da den første gangen dukket opp, har forskjellige behandlinger blitt brukt i et forsøk på å demme SARS-epidemien. Blant dem var de hyppigste: ribavirin , en nukleotidanalog, steroide antiinflammatoriske legemidler og, etter formell identifikasjon av patogen- og sensitivitetsskjermene, interferon-alfa- og proteasehemmere . Effektiviteten av disse behandlingene er imidlertid tvilsom, siden det ikke er utført tilstrekkelige kliniske studier på dem. Analyse av tilgjengelige studier har vist at en stor andel av dem forblir usikker, etter å ha blitt utført på et lite antall personer eller uten protokoll og faste doser, og noen indikerer til og med at behandlinger kan ha vært skadelig for utryddelse. Når det gjelder vaksiner, har ikke den raske utryddelsen av epidemien gitt mye rom for kliniske studier. En inaktivert vaksine , så vel som andre basert på S- og N-proteinene, har vært under undersøkelse i flere år.