Den inkvisisjonen i Portugal eller Den portugisiske inkvisisjonen er sammenlignbar med sin spanske motpart .
Manuel I første konge i Portugal, gifter seg med den spanske Infanta Isabella den30. november 1496. De5. desember, gir et kongelig dekret jøder og muslimer 10 måneder til å forlate landet. Kongen ombestemte seg, og på fredag19. mars 1497, beordret han å døpe alle rikets barn for neste søndag, noe som ga opphav til forferdelige scener, spesielt siden noen av disse jødene nettopp hadde tatt tilflukt i Portugal i 1492, etter å ha blitt utvist fra Spania. I 1499 utstedte Manuel et dekret som forbød konversjonene å forlate landet.
Inkvisisjonen blir offisiell med utnevnelsen av Diogo da Silva (pt) , bekjenner for Manuel, som generell inkvisitor iDesember 1531. Men innflytelsesrike samtaler lykkes med å få den suspendert.
Charles Quint veier all sin vekt for reetablering av en spansk inkvisisjon. Avgjørelsen er tatt på23. mai 1536under pontifikatet til Paul III . Men samtalene lyktes fremdeles gjennom flere forhandlinger med paven å begrense myndighetene til Det hellige kontor og til og med å suspendere det i 1544.
Til tross for alt ble inkvisisjonen i 1547 formelt etablert av Johannes III . De conversos kjempe en siste gang på spørsmålet om kraften i inndragning. Dette våpenet blir endelig innrømmet domstolene, og Portugal får dermed en uavhengig inkvisisjon som er enda mer forferdelig enn den spanske modellen. Faktisk ble konvertering til katolisismen pålagt alle jødene der, og i motsetning til Spania, fulgte ikke muligheten for å utvandre. Følgelig er de “ nye kristne ” etterkommerne av disse konversasjonene som følge av en tvungen konvertering , og deres forsøk på å flykte utover er proporsjonalt viktigere der enn i Spania. En stor del av de som blir igjen, fortsetter å "judisere" i det skjulte : foraktet under navnet marranos ("griser"), de blir forfulgt av inkvisisjonen.
Inkvisisjonen er så vanskelig i Portugal at et visst antall portugisiske “nye kristne” går så langt at de prøver å ta tilflukt i Spania, som likevel har kastet dem ut.
Det hellige kontoret har mektige krefter og dets gafler forfølger jødene eller marranosene til fjerne land der de tar tilflukt som de forente provinsene eller øyene i de koloniale imperiene ( Mellom-Amerika , Karibien ) på den tiden. Hans siste offer vil være en jesuittprest , Gabriel Malagrida , brent i Lisboa iSeptember 1761. I 1771 ble offentlige autodaféer forbudt. I 1773 ble all forskjell mellom gamle og “nye kristne” avskaffet. Inkvisisjonen stoppet definitivt i 1778. Den ble formelt avskaffet av den liberale grunnloven i 1822 .
Inkvisisjonen i Portugal har etterforsket 40 000 søksmål siden grunnleggelsen. For å gi et eksempel på denne trakasseringen opplevde familien til Baruch Spinozas mor hundre. Mer enn 30 000 rettssaker har ført til domfellelser. Setningene ble utført under nesten 750 fyrverkeri ; 1808 funnet skyldige ble brent på bålet (633 i figur og 1175 personlig) og 29 590 ble "forlikt".