SYBR Green I

SYBR grønn
Identifikasjon
Synonymer	[2- [ N - (3-dimetylaminopropyl) - N- propylamino] -4- [2,3- dihydro-3-metyl- (benzo-1,3-tiazol-2-yl) - metyliden] -1- fenyl -kinolin] + °
N o CAS	163795-75-3
Kjemiske egenskaper
Brute formel	C 32 H 37 N 4 S   [Isomerer]
Molarmasse	509,728 ± 0,034  g / mol C 75,4%, H 7,32%, N 10,99%, S 6,29%,
Fysiske egenskaper
T ° fusjon	262  ° C
Selvantennelsestemperatur	ikke brannfarlig (> −6  ° C )
Forholdsregler
Innånding	Offisielt ingen
Hud	Offisielt ingen
Øyne	Offisielt ingen
Offisiell biologisk risiko	ikke-farlig (US OSHA-standard)
Offisiell avfallsstatus	verken farlig eller giftig (amerikansk standard)
Enheter av SI og STP med mindre annet er oppgitt.

Den SYBR grønn I er en organisk forbindelse aromatisk med kjemisk formel C 32 H 37 N 4 S en del av cyaniner asymmetriske ( fluoroforer ). Den har evnen til å binde seg til nukleinsyrer og å avgi fluorescens . Det brukes derfor i molekylærbiologi som et fluorescerende middel, spesielt når man utfører kvantitative PCR .

Eiendommer

SYBR green I er et molekyl som kan binde seg til alle typer dobbeltstrengede nukleinsyrer. Det er ikke et interkalerende middel: per definisjon er et interkaliserende middel et molekyl som kan settes inn mellom platene dannet av de parede basene av en nukleinsyre  ; SYBR green oppfyller ikke denne definisjonen siden den binder seg til mindre spor i DNA . Når det er løst, blir det en veldig god fluorofor. Dermed absorberer dobbeltstrenget DNA / SYBR grønt I-kompleks blått lys (λ max = 497 nm) og avgir grønt lys (λ max = 520 nm). Midlet kan også fortrinnsvis binde til dobbeltstrenget DNA, men kan også binde til enkeltstrenget DNA med dårligere ytelse og litt forskjellige eksitasjons- og emisjonsbølgelengder.

bruk

Gitt disse egenskapene og dens lavere toksisitet, fungerte det veldig raskt som en alternativ metode til etidiumbromid (BET) eller radioaktiv merking for et stort antall metoder, inkludert påvisning av DNA og RNA på geler. Av polyakrylamid eller av agarose , konvensjonell, i pulserende eller "følsomt" felt, pre- eller postmerket. Det gjør det også mulig å kvantifisere nukleinsyrer i oppløsning, og med liten interferens med polymerasekjedereaksjonen er det den viktigste ikke-spesifikke sekvensmarkøren som brukes i sanntids PCR . Sin meget høye følsomhet som gjør det brukbart i kapillær elektroforese (deteksjon av opptil 80 femtogram av dobbelttrådet DNA), i strømningscytometri, for DNA-brikker, for fluorescens-avbildning. Det brukes også til kvantifisering av enzymatiske aktiviteter (DNaser, telomeraser) eller for dobbeltstrenget DNA i et ugunstig medium (ved tilstedeværelse av fluorescensinhibitor).

Historisk

For klarhets skyld tilsvarer datoene den første publikasjonen på feltet, og bare de første forfatterne er sitert. De fullstendige referansene er i bibliografikapittelet.

• 1975  : Oppfinnelse av en test for påvisning av mutagener og kreftfremkallende stoffer av Ames BN (revidert i en studie fra 1983 ).
• 1992  : Første publikasjon om fluorescerende DNA-markører av den asymmetriske cyaninfamilien av Rye HS.
• 1993  : First omtale av SYBR grønn I ved Molecular Probes i Bioprobes n o  18 (elektronisk utgave til 23, for å bli bekreftet).
• 1994  : Første karakteriseringsstudier av SYBR green I av Jin X.
• 1994  : Første merking av DNA og RNA med SYBR green I på polyakrylamidelektroforesegel av Singer VL.
• 1995  : Første merking av RT-PCR-produkt på agaroseelektroforesegel av Schneeberger CS.
• 1995  : Første avsløring av korte tandemrepetisjoner på polyakrylamidgel med en ikke-radioaktiv metode av Morin PA.
• 1995  : Første påvisning av nukleaser i gelfølsom med SYBR green I av Jin X.
• 1995  : Første bruk i kapillærelektroforese av Skeidsvoll J.
• 1997  : Innlevering av US patent nr . 5  658 751 på asymmetriske cyaniner av Molecular Probes. Den SYBR grønn I syntes å være den komponent n o  937.
• 1997  : Første påvisning av skadet DNA på agarosegeler med pulserende felt av Kiltie AE.
• 1998  : Første kvantifisering av nukleaseaktivitet i radiell diffusjon av Yasuda T.
• 2000  : Påvisning av virus ved flowcytometri med SYBR green I av Brussaard CP.
• 2001  : kvantifisering av dobbeltstrenget DNA i råekstrakter på miljøprøver av Bachoon DS.
• 2004  : Publisering av strukturen og variabiliteten til SYBR green I-utslippsspekteret av Zipper H.

Toksisitets- og sikkerhetsinstruksjoner

SYBR Green viser mutagenisitet som ikke er null, men hvor mye dårligere enn ethidiumbromid . De vanlige forholdsreglene må likevel beholdes.

Merknader og referanser

1. beregnede molekylmasse fra "  atomvekter av elementene 2007  " på www.chem.qmul.ac.uk .
2. Se toksisitet ...
3. “  Refdoc  ” , på www.refdoc.fr (åpnes 20 april 2018 )

Bibliografi

Fransk bibliografi

Engelsk bibliografi

• Ames BN, McCann J, Yamasaki E, Metoder for påvisning av kreftfremkallende stoffer og mutagener med Salmonella / pattedyr-mikrosom mutagenitetstest . 1975, mutasjonsforskning 31: 347–364.
• Bachoon DS, Otero E, Hodson RE, Effekter av humiske stoffer på fluorometrisk DNA-kvantifisering og DNA-hybridisering . 2001. J. Microbiol. Metoder, 47: 73–82.
• Brussaard CP, Marie D, Bratbak G, Flowcytometrisk påvisning av virus . 2000. J. Virol. Metoder, 85: 175–182
• Jin X, Yue S, Wells KS, Singer VL, SYBRTM Green I: et nytt fluorescerende fargestoff optimalisert for påvisning av pikogrammengder DNA i geler . 1994. Biophys. J. 66: A159.
• Jin X, Yue S, Singer VL, Svært følsomme gelanalyser for påvisning av nukleaser . 1995. FASEB J. 9: A1400.
• Kiltie AE, Ryan AJ, SYBR Green I farging av pulserende feltagarosegeler er en følsom og billig måte å kvantifisere DNA-dobbeltstrengsbrudd i pattedyrceller . 1997. Nucleic Acids Res. 25: 2945–2946.
• Maron DM, Ames B, Reviderte metoder for Salmonella mutagenisitetstest , 1983, Mutation Research 113: 173–215.
• Morin PA, Smith DG, ikke- radioaktiv påvisning av hypervariabel enkel sekvens gjentas i korte polyakrylamidgeler . 1995. BioTechniques 19: 223–227.
• Ohta T, Tokishita S, Yamagata H, Ethidium bromide og SYBR Green I forbedrer gentoksisiteten til UV-bestråling og kjemiske mutagener i E. coli . 2001, mutasjonsforskning ,31. mai ; 492 (1-2): 91-7.
• Rye HS, Yue S, Wemmer DE, Quesada MA, Haugland RP, Mathies RA, Glazer AN, Stabile fluorescerende komplekser av dobbeltstrenget DNA med bis-interkalerende asymmetriske cyaninfargestoffer: egenskaper og applikasjoner . 1992. Nucleic Acids Res. 20: 2803-2812.
• Schneeberger CS, Speiser P, Kury F, Zeillinger R, Kvantitativ påvisning av revers transkriptase - PCR-produkter ved hjelp av en ny og sensitiv DNA-flekk, PCR-metoder . 1995. Appl. 4: 234-238.
• Singer VL, Jin X, Ryan D, Yue S, SYBRTM Grønne fargestoffer: ultrafølsomme flekker for påvisning av DNA og RNA i elektroforetiske geler . 1994. Biomed. Produkter 19: 68–72.
• Singer VL, Lawlor TE, Yue S, Sammenligning av SYBR Green I nukleinsyregel mutagenisitet og etidiumbromid mutagenitet i Salmonella / pattedyrs mikrosom revers mutasjonsanalyse (Ames test) . 1999, mutasjonsforskning 439: 37–47.
• Skeidsvoll J, Ueland PM, analyse av dobbeltstrenget DNA ved kapillærelektroforese med laserindusert fluorescensdeteksjon ved bruk av SYBR Green I fargestoff monomer . 1995. Anal. Biochem. 231: 359–365.
• Yasuda T, Takeshita H, Nakazato E, Nakajima O, Hosomi O, Nakashima Y, Kishi K, Aktivitetsmåling for deoksyribonukleaser I og II med pikogramfølsomhet basert på DNA SYBR Green I fluorescens . 1998. Anal. Biochem. 255: 274–276.
• Zipper H, Brunner H, Bernhagen J, Vitzthum F, Investigations on DNA intercalation and overflate binding by SYBR Green I, dens strukturbestemmelse og metodiske implikasjoner . 2004. Nucleic Acids Res.  ; 32: e103.

Relatert artikkel

• SYBR trygt