Wybutosin

Wybutosin
Struktur av wybutosin
Identifikasjon
IUPAC-navn 7 - {( 3S ) -4-metoksy-3 - [(metoksykarbonyl) amino] -4-oksobutyl} -4,6-dimetyl-3- (P- D- ribofuranosyl) -3,4-dihydro- 9H -imidazo [1,2- a ] purin-9-on
Synonymer

yW

PubChem 90658156
ChEBI 46574
SMIL COC (= O) N [C @ H] (CCc1c (C) nc2n (C) c3n (cnc3c (= O) n12) [C @ H] 1O [C @ H] (CO) [C @ H ] (O) [C @ H] 1O) C (= O) OC
PubChem , 3D-visning
InChI Std. InChI: 3D-visning
InChI = 1S / C21H28N6O9 / c1-9-11 (6-5-10 (19 (32) 34-3) 24-21 (33) 35-4) 27-17 (31) 13-16 ( 25 (2) 20 (27) 23-9) 26 (8-22-13) 18-15 (30) 14 (29) 12 (7-28) 36-18 / h8,10,12,14-15, 18.28-30H, 5-7H2.1-4H3, (H, 24.33) / t10-, 12 +, 14 +, 15 +, 18 + / m0 / s1
Std. InChIKey:
QAOHCFGKCWTBGC-QHOAOGIMSA-N
Kjemiske egenskaper
Brute formel C 21 H 28 N 6 O 9   [Isomerer]
Molarmasse 508,4818 ± 0,0227  g / mol
C 49,6%, H 5,55%, N 16,53%, O 28,32%,
Enheter av SI og STP med mindre annet er oppgitt.

Den wybutosine er et nukleosid sterkt modifisert innehold wyosine og avledet fra guanosin funnet i visse overføring RNA , hvor det stabiliserer interaksjoner mellom kodoner og antikodon i biosyntesen av proteinet av ribosomene . I eukaryoter er dette nukleosidet til stede i posisjon 37 av tRNA av fenylalanin, det vil si i kontakt med 3'-enden av antikodonet, som stabiliserer sammenkoblingen av basene nukleinsyre med kodonet på messenger-RNA . Det er konservert i eukaryoter og archaea , men er fraværende i bakterier .

Den store størrelsen på nukleinsyrebasen til dette nukleosidet har effekten av å øke stablingsinteraksjoner med tilstøtende baser, noe som reduserer fleksibiliteten til RNA på antikodonnivået og begrenser forskyvninger av leserammen . Generelt blir basene i posisjonene 34 og 37 av overførings-RNA veldig ofte modifisert, noe som understreker deres avgjørende rolle i nøyaktigheten av den genetiske oversettelsen .

Det er mulig at tilstedeværelsen av wybutosin i posisjon 37 av tRNA Phe har et forhold til sekvensen til kodonet av fenylalanin , som er UUU eller UUC: tilstedeværelsen av slike kodoner kan generere "  glatt sekvens  " på RNA-messenger , sekvensene selv i stand til å forskyve leserammen til ribosomene , derav viktigheten av modifiserte baser på tRNA som er i stand til å kontrollere nøyaktigheten av translasjon ved å nøyaktig unngå slike skift i leserammen.

Merknader og referanser

  1. beregnede molekylmasse fra atomvekter av elementene 2007  "www.chem.qmul.ac.uk .
  2. (in) Akiko Noma Yohei Kirino, Yoshiho Tsutomu Ikeuchi og Suzuki , Biosynthesis of wybutosine, a hyper-modified nucleoside in eukaryotic tRNA phenylalanine  " , The EMBO Journal , Vol.  25, n o  10, 17. mai 2006, s.  2142-2154 ( PMID  16642040 , PMCID  1462984 , DOI  10.1038 / sj.emboj.7601105 , les online )
  3. (in) Yoko Suzuki Akiko Noma Suzuki Tsutomu Miki Senda, Senda Toshiya, Ryuichiro Ishitani og Osamu Nureki , Crystal Structure of the Radical SAM enzym Catalyzing Tricyclic Modified Training Base in tRNA  " , Journal of Molecular Biology , vol.  372, n o  5, 5. oktober 2007, s.  1204-1214 ( PMID  17727881 , DOI  10.1016 / j.jmb.2007.07.024 , les online )
  4. (i) John W. Stuart, Karl M. Koshlap Richard Guenther og Paul F. Agris , Naturlig forekommende endring begrenser Anticodon Domain Conformational Space of tRNA Phe  " , Journal of Molecular Biology , vol.  334, n o  5, 12. desember 2003, s.  901-918 ( PMID  14643656 , DOI  10.1016 / j.jmb.2003.09.058 , les online )
  5. (i) Thomas Christian Georges Lahoud Liu Cuiping og Ya-Ming Hou , Kontroll av katalytisk syklus ved et par analoge tRNA-modifikasjonsenzymer  " , Journal of Molecular Biology , vol.  400, n o  to 9. juli 2010, s.  204-217 ( PMID  20452364 , PMCID  2892103 , DOI  10.1016 / j.jmb.2010.05.003 , les online )