Taksonomi
Den taksonomi eller taksonomi er en gren av naturvitenskap (omdøpt biologi ved XX th århundre), som har som mål å beskrive mangfoldet av levende organismer og for å gruppere dem i enheter som kalles taxa å identifisere (blant annet gjennom identifisering nøkler ), beskrive dem , navn dem og klassifisere dem .
Det utgjør en undergren av systematikk som først og fremst tar sikte på å oppregne og definere slektskapsforbindelsene mellom de forskjellige levende organismer , og å klassifisere dem i hierarkiske kategorier (f.eks. Slekter, familier, ordrer). Disse to fagene er så nært knyttet at forskjellen mellom taksonomi og systematikk ikke alltid er åpenbar.
Den moderne taksonomi, evolusjons, basert på en fundamentalt fylogenetisk tilnærming til klassifiseringen men klassifiseringene empirisk belegg analyse forblitt lenge ukjente for vitenskapen før ankomst, i løpet av andre halvdel av det XX th tallet funn molekylærbiologi .
Ved forlengelse begrepet taksonomi brukes nå i andre fag, for eksempel humaniora og samfunnsvitenskap , informasjonsvitenskap eller datavitenskap .
Ordet taksonomi kommer fra gresk τάξις ( drosjer ) "plassering", "klassifisering", "orden" og fra νομός ( nomos ) som betyr "lov", "regel"). Begrepet ble opprettet i 1813 , under staving av taksonomi , av den sveitsiske botanikeren Augustin Pyrame de Candolle (1778-1841) i sin Elementary Theory of Botany eller redegjørelse for prinsippene for naturlig klassifisering og kunsten å beskrive og studere planter. , å i sin “klassifiseringsteori” betegne både metoden og det han kalte ”baser for filosofisk botanikk” ( Mémoires et souvenirs , Book III, § 11). I den andre utgaven som ble utgitt i 1819, anså han stavemåten for ordet taksonomi som uriktig i sin opprinnelige form, og sa: «Det ville være riktigere å si taksonomi; men jeg trodde jeg måtte innrømme sletting av e , for å gjøre ordet kortere. " . Dette viser at De Candolle faktisk stammer fra begrepet taksonomi , ikke fra nominativet τάξις ( drosjer ), men fra dens genitive τάξεως ( taxôs ).
Begrepet taksonomi ble ratifisert i 1836 i Supplement to the Dictionary of the French Academy .
Den taksonomiske stavemåten ble anbefalt i 1864. Émile Littré , i sin ordbok for det franske språket (versjon 1872-1877), spesifiserte at ordet taksonomi eller taksjonomi også kunne brukes, dannet på de greske etymon- drosjene (rekkefølge). The Hotel Dictionnaire Terminologique i Quebec , bekrefter at taksonomi er anbefalt av flere forfattere vurderer "taksonomi" som "en sporing av engelsk taksonomi ", som imidlertid er historisk falsk. Faktisk dukket ikke taksonomi opp på engelsk før i 1819 under innflytelse av fransk, seks år etter at den ble oppfunnet av De Candolle. Franske ordbøker fortsetter imidlertid å spre feilen om at taksonomi- stavemåten (De Candolle, 1813) tilsvarer den engelske taksonomien . Tvert imot, de fleste engelske ordbøker hevder riktig at ordet taksonomi stammer fra fransk, og for TLFI oppstod engelsk taksonomi først i 1828 i Websters amerikanske ordbok .
Begrepet taksonomi stammer ikke fra ordet takson, sistnevnte er et begrep som dukket opp senere (et ord opprettet av botanikeren Herman Johannes Lam i 1948 ). Dermed er taksonomi ikke etymologisk studiet av taxa, men ordenslovene, derfor klassifiseringsreglene . Noen spesialister gjør en forskjell i bruken, spesielt i botanikk , mellom taksonomien som, dannet på det greske etymon nómos (lov, regel), gjelder spørsmål om klassifisering og taksonomien som dannet på det greske etymon ónoma (navn), relaterer seg til nomenklaturproblemer . Andre forskere bruker begrepet taksionomi i sitt arbeid, spesielt i zoologi , for å nevne grupper av levende vesener. Imidlertid blir ordet taksonomi også og veldig ofte brukt for å nevne vitenskapen om å beskrive taksa. Selv forfatterne som taler for bruk av begrepet "taksonomi" snakker ikke om "taxiner", men om taxa, med unntak av en spesialist innen entomologi som påberoper seg den fransktalende formidlingen av kunnskap og beklager innflytelsen fra engelsk. Andre språk bruker ord som "taksonomi", ikke "taksonomi"; Dermed skriver vi taksonomi på tysk, taksonomi på engelsk, taxonomía på spansk (kastiliansk), taksonomi på portugisisk og katalansk, tassonomia på italiensk, таксономия ( taksonomiya ) på russisk osv.
I Frankrike, i Frankrike, vedtok Academy of Sciences navnet "Taxonomy" for å betegne vitenskapen om klassifisering.
Begrepet ble vanlig praksis i XXI th århundre, enten i originalmanuset, taksonomi, selv om det er etymologisk utfordret eller vurdert feil, eller under skrivemåten korrigert av Émile Littré , taksonomi med en "i" selv om at man er bevisst tilbakevist. Erstatning av "o" med et "i" oppfattes av noen som purisme , som foretrekker begrepet "taksonomi", ved å hevde et flertallsbruk, konsistens og et "prinsipp om prioritet".
Ordet “taksonomi” brukes i vedleggene til den internasjonale koden for tospråklig zoologisk nomenklatur (utgitt på fransk og engelsk ) i 1961 for den første utgaven og i 1964 for den andre utgaven.
Den franske teksten til den tredje utgaven av Code international de nomenclature zoologique (1985) nevner begrepet "taksonomi". I ordlisten er “taksonomi” definert som “Teorien og praksisen med å klassifisere organismer; en del av systematikken, studiet av kategoriene organismer og deres mangfold ”.
Den franske teksten til den fjerde utgaven av International Code of Zoological Nomenclature (1999) nevner de to begrepene "taksonomi" og "taksonomi". I ordlisten er "taksonomi eller taksonomi" definert som "Teori og praksis for klassifisering av organismer".
I biologi er taksonomi uadskillelig fra systematikk . Sistnevnte blir definert som studiet av mangfoldet og evolusjonære forhold mellom levende eller fossile organismer, og inkluderer naturlig nok to komplementære komponenter som er fylogenetikk , det vil si fagdisiplinen som er interessert i rekonstruksjonen av livets tre og taksonomi som produserer formelle klassifiseringer. Måten taksonomi må ta hensyn til resultatene av fylogenetikk er også en kilde til livlige metodiske og fremfor alt filosofiske kontroverser.
I praksis betegner begrepet "systematisk" både metoden som brukes (vi sier for eksempel "fylogenetisk system") og resultatet oppnådd med denne metoden ("systemet med Agaricales "). I den konkrete følelsen av resultatet er de to vitenskapene ikke veldig forskjellige og ofte forvirrede, fordi de praktiseres samtidig av de samme menneskene. Taksonomer har alltid vært kalt systematists, fordi etter å ha studert og beskrevet organismer, de ganske naturlig forsøkt å klassifisere dem fra det lave nivået av arter ( alfa taksonomi eller "primær taksonomi").
De som hovedsakelig bruker sansen for metoden ( spesielt fylogenetikere ) kaller ofte resultatet "klassifisering", eller noen ganger "taksonomi" ved misbruk av språk, spesielt i ikke-biologiske fagområder (se Taksonomi (tvetydighet) ).
Den første klassifisering av planter tilskrives generelt Theophrastus ved slutten av IV th århundre BC. AD , selv om dens historie om planter delvis tar teoriene om Pythagorean School . Den første kjente klassifiseringen av dyr var Aristoteles , i avhandlingen History of Animals . Den som tradisjonelt blir presentert som "vitenskapens far", låner skillet fra Democritus ved å dele dyr i to klasser, de som har blod og de som ikke har det (dyr med hvitt eller fargeløst blod som han kaller lymfe). Han deler opp rødblodige dyr i fem klasser (vivipare firfødder, hvaler, fugler, ovipare firvinger og fisk) og hvitblodige dyr i fire (bløtdyr, testaceans , krepsdyr og insekter).
Den natura svenske Linné ( 1707 - 1778 ) la grunnlaget for systematisk , og var forfatter av en klassifisering som viktigste prinsippene var grunnlaget for den vitenskapelige systematisk frem til midten av XX th århundre .
Selv om den, i likhet med Jussieus metode , bruker binomialnavn og fortaler den "naturlige metoden" i motsetning til Carl von Linnés "kunstige system" , avviker taksonomien foreslått av de Candolle fra den på grunn av viktigheten til kuttene. Mens for Linné og Jussieu, naturen " ikke tar et sprang ", insisterer Candolle på diskontinuitetene som ligger til grunn for forestillingen om taxon , både enhet og kutt .
I klassisk systematikk (noen ganger kalt "Linné") var den interne hierarkiske rekkefølgen for taxa opprinnelig basert på kriterier for "morfologisk" likhet og antatte tilhørigheter. Selv sterkt antroposentrisk og reflektere årsakene til mangfoldet av levende ting ( Guds skaperverk ) som vi trodde de følgende 250 år, er det fortsatt i begynnelsen av XXI th århundre , en del av den felles kulturell bakgrunn av alle naturforskere. Men etter hvert som kunnskapen utviklet seg, særlig fra arbeidet til Jean-Baptiste de Lamarck og Charles Darwin , hadde denne ordren raskt ambisjon om å gi et bilde av evolusjonen .
Antroposentrisme ble beseiret med Charles Darwin som anbefalte 24. november 1859 (i The Origin of Species ) en ren genealogisk klassifisering . Hvis det har vært evolusjon, bør arter klassifiseres i henhold til deres grad av evolusjonær slektning . Men det vil ta nesten et århundre før eliminering av polyfyletiske taxa blir samstemmende. På den annen side ga divergerende tolkninger av begrepet "genealogisk" i Darwin, som patristisk avstand eller annet som relativ nyhet fra den siste felles forfedre , opphav til to motstridende intellektuelle strømninger innen taksonomi, henholdsvis evolusjonisme og kladisme .
I andre halvdel av XX th -tallet , den såkalte systematisk fylogenetisk vokste fra en rekonstruksjon metode som var en smash utvikling: cladistic initiert av Willi Hennig i 1950 . Denne metoden er basert globalt på evolusjonære forhold der det grunnleggende kriteriet for klassifiseringsvalget er at det strengt må reflektere fylogenien, det vil si gradene av slektning mellom arter. Selve forestillingen om en slik fylogeni er en konsekvens av evolusjonsteorien , og den prediktive suksessen til fylogenetiske trær er et bevis på denne teorien.
Viktige fremskritt innen genomikk er gjort mulig ved automatisk genetisk analyse og utvikling av dataverktøy og modeller. De pålegger og tillater omdefinering av visse arter eller grupper av arter, og vil gi bedre kunnskap og overvåking av arter.
Alle nåværende klassifiseringer er i form av et tre (arborescent-klassifisering), fra en rot inkludert alle levende vesener som eksisterer eller har eksistert, til enkeltpersoner . Hver node i treet definerer en takson , som grupperer alle under-taksene som noden genererer.
Et viktig og ganske stabilt klassifiseringskonsept er det for arter . Denne grupperingen er relativt veldefinert, i det minste for avlsarter .
Arten er definert som et fellesskap av interferile levende vesener (eller interfertile , i stand til å reprodusere med hverandre), som er i stand til å utveksle genetisk materiale og produsere etterkommere selv fruktbare (noen individer av samme slekt, men som tilhører forskjellige arter, kan krysse til gi et hybrid individ , men denne er oftest steril). I tilfelle strengt aseksuell multiplikasjon , snakker vi upassende om arter i stedet for avstamning , og gruppen er da rent fylogenetisk. Tilfellet med enheter som grenser til levende ( virus , prioner ) er fremdeles annerledes; de er vanligvis ekskludert fra klassifiseringer. En annen vanskelighet å sitere er den for strenge symbioser , som lav (som kombinerer en organisme av soppnatur, og en organisme som er i stand til fotosyntese, av plante natur), men generelt er en av de to partnerne i stand til å leve uten s ' assosiere med den andre, og vi kan klassifisere dem i to forskjellige arter, med det karakteristiske ved at en av de to artene ikke klarer å overleve uten den andre.
Beskrivelsen av en ny art er utført av en taksonom basert på dagens kunnskap, på grunnlag av tilgjengelige data og analyseverktøy. Denne beskrivelsen kan settes i tvil av en annen spesialist som ikke deler den samme forestillingen, eller ved oppdagelsen av nye analysemetoder.
Arter er oppkalt etter den binomiske system som brukes for første gang av Guillaume Rondelet og Pierre Belon i XVI th århundre og generalisert av Carl von Linné i attende th århundre . Det vitenskapelige navnet på en art er kombinasjonen av to latinske ord eller anses å være latin (opptil tre i noen disipliner, for en underart, variant eller form) vanligvis skrevet med kursiv : et navn på slekten, etterfulgt av en eller to spesifikke epiter.
Under slektsrangeringen kalles alle taxa-navn kombinasjoner. Det er flere kategorier av kombinasjoner:
Den nåværende fylogenetiske tilnærmingen bruker data fra kladistikk , men kravene er begrenset til å bare akseptere monofyletisk taksa , det vil si tilsvarer en gitt klade . Det ber om at avgifter skal være begrenset til de som oppfyller følgende to betingelser:
Vi snakker da bare om en monofyletisk eller kladetaxon. Denne begrensningen har medført grunnleggende endringer i vitenskapelig klassifisering, noen av dem velter "sunn fornuft" formet av kulturarv. Dermed har ikke dinosaurer forsvunnet , moderne systematikk inkludert fugler i grupperingen "dinosaurer".
Blant andre eksempler er tradisjonelle taxaer som krypdyr , fisk , alger , dikotyledoner , pongider , ikke kvalifisert for fylogenetisk systematikk, fordi de betraktes som polyfyletiske (flere opprinnelser) eller parafyletiske (ufullstendige) ( dikotyledoner har blitt erstattet av dikotyledoner sant ). Andre overlevde med noen ettervirkninger, for eksempel sopp . Endelig har noen forvitret stormen, som dyr ( metazoans ) eller pattedyr . Merk at det ikke var noe åpenbart at alle flercellede dyr delte en felles forfader som skiller dem fra enhver plante eller sopp.
Annet enn det, forblir strukturen fundamentalt Linné og dens nomenklatur (dvs. navnene selv) også.
Det er flere tekniske tilnærminger for å konstruere fylogenetiske trær.
I følge publikasjonene finner vi frem til i dag klassifiseringer av alle typer, fra den tradisjonelle klassifiseringen, som nettopp har blitt revidert, til strengt kladistiske klassifiseringer uten taksonomiske ranger, inkludert forskjellige blandinger, for eksempel å holde taksonomiske ranger, men i samsvar med kladene , eller post-fylogenetiske behandlingsmetoder automatisk fremhever de utviklende karakterer .
Praksisen med disiplinen utvikler seg mot en integrerende vitenskap ved å artikulere samlingen av eksemplarer i felt, i forskjellige deler av verden, med et beskrivende arbeid i laboratoriet , som forbinder de tradisjonelle tilnærmingene ( morfologi , økologi , etc. ), og metodene. nyere molekylær ( molekylær strekkoding ).
Fremskritt innen genetikk og bioinformatikk gjør det også mulig å fremme taksonomi, noe som også resulterer i hyppige revisjoner og oppdateringer, noe som noen ganger skjer i alternative, mer samarbeidsvillige og reaktive måter for vitenskapelig publisering.
I tillegg er studiet av bakteriell biologisk mangfold , eller av mikrobielle arter i jorda eller i havene , komplisert og krever - i tillegg til nye metoder innen metagenomikk ( mikrobiell DNA-strekkoding ) - et samarbeid mellom mange spesialister spredt over hele verden. verden.
Naturalister har utviklet verktøy for samarbeidsarbeid og deling med for eksempel Tela botanica (for botanikere ) og nylig European Journal of Taxonomy (EJT). Det er et internasjonalt vitenskapelig tidsskrift for beskrivende taksonomi, støttet av et WCY-konsortium (av naturhistoriske museer og botaniske hager ), publisert på engelsk, i elektronisk format, under Open Access- lisens, under Creative Commons-lisens (3.0), det vil si åpen tilgang, gratis publisering og gratis konsultasjon. Den tar for seg feltene zoologi , entomologi , botanikk og paleontologi . Artiklene er originale arbeider, som må oppfylle kriterier av høy kvalitet når det gjelder vitenskapelig innhold og form (stil, illustrasjoner, etc.). Tidsskriftet er europeisk, men temaene kan forholde seg til alle arter, uavhengig av hjemland. Taksonomiske revisjoner, monografier og tematiske artikler eller meningsartikler kan dermed deles bedre og raskere.
: dokument brukt som kilde til denne artikkelen.