Pyruvat dehydrogenase

Pyruvat dehydrogenase
Modellering av en human pyruvatdehydrogenase heterotetramer med de to α-underenhetene i lilla, de to Mg 2+ -ionene i mørkegrønn, de to TPPene i oransje-grønn-rød-blå, de to β-underenhetene i blått og de to K + -ionene i magenta ( FBB  1NI4 ).
Hovedtrekkene
Godkjent navn	Pyruvat dehydrogenase (lipoamid)
Symbol	PDH
EF nr.	1.2.4.1
PDHA1- genet - α1-underenhet
Homo sapiens
Locus	X s 22.12
Molekylær vekt	43 296  Da
Antall rester	390  aminosyrer
Koblinger tilgjengelig fra GeneCards og HUGO .
Kom inn 5160 HUGO 8806 OMIM 300502 UniProt P08559 RefSeq ( mRNA ) NM_000284.3 , NM_001173454.1 , NM_001173455.1 , NM_001173456.1 RefSeq ( protein ) NP_000275.1 , NP_001166925.1 , NP_001166926.1 , NP_001166927.1 Sammen ENSG00000131828 FBD 1NI4 , 2OZL , 3EXE , 3EXF , 3EXG , 3EXH , 3EXI GENATLAS • Genetests • GoPubmed • HCOP • H-InvDB • Treefam • Vega
PDHA2- gen - α2-underenhet
Homo sapiens
Locus	4 q 22.3
Molekylær vekt	42 933  Da
Antall rester	388  aminosyrer
Koblinger tilgjengelig fra GeneCards og HUGO .
Kom inn 5161 HUGO 8807 OMIM 179061 UniProt P29803 RefSeq ( mRNA ) NM_005390.4 RefSeq ( protein ) NP_005381.1 Sammen ENSG00000163114 GENATLAS • Genetests • GoPubmed • HCOP • H-InvDB • Treefam • Vega
PDHB- gen - β-underenhet
Homo sapiens
Locus	3 s 14.3
Molekylær vekt	39 233  Da
Antall rester	359  aminosyrer
Koblinger tilgjengelig fra GeneCards og HUGO .
Kom inn 5162 HUGO 8808 OMIM 179060 UniProt P11177 RefSeq ( mRNA ) NM_000925.3 , NM_001173468.1 , NM_001315536.1 RefSeq ( protein ) NP_000916.2 , NP_001166939.1 , NP_001302465.1 Sammen ENSG00000168291 FBD 1NI4 , 2OZL , 3EXE , 3EXF , 3EXG , 3EXH , 3EXI GENATLAS • Genetests • GoPubmed • HCOP • H-InvDB • Treefam • Vega

Den pyruvat dehydrogenase (eller PDH ) - som ikke må forveksles med den pyruvatdekarboksylase men noen ganger også kalt samt - er den første av tre enzymer av pyruvat-dehydrogenase-komplekset (PDC) som består av en dekarboksylase , et acetyltransferase og en oxidoreduktase mellomliggende sekvensielt katalysere den oksidative dekarboksyleringen av pyruvat til acetyl-CoA , en reaksjon som spesielt sikrer båndet mellom glykolyse og Krebs-syklusen . De andre enzymene i dette komplekset er dihydrolipoamid S- acetyltransferase (E2) og dihydrolipoyldehydrogenase (E3) .

PDH inhiberes av PDHK (eller pyruvat dehydrogenase kinase ).

Pyruvatdehydrogenase-komplekset

Den totale reaksjon katalysert av PDC er som følger:

	+ CoA-SH + NAD +  →  NADH + H + + CO 2 +
Pyruvat		Acetyl-CoA

Mekanismen for denne reaksjonen er ganske kompleks, og kan oppsummeres av det forenklede diagrammet nedenfor:

Pyruvat dehydrogenase

Pyruvat dehydrogenase (E1) Nøkkeldata

EF nr.	EC 1.2.4.1
CAS-nummer	9014-20-4
Kofaktor (er)	TPP

Enzymaktivitet

IUBMB	IUBMB-oppføring
IntEnz	IntEnz-visning
BRENDA	BRENDA inngang
KEGG	KEGG-inngang
MetaCyc	Metabolisk vei
PRIAM	Profil
FBD	Strukturer
GÅ	AmiGO / EGO

Den faktiske pyruvatdehydrogenasen (E1) katalyserer to påfølgende reaksjoner: dekarboksylering av pyruvat med tiaminpyrofosfat (TPP) som en kofaktor , og acetylering av lipoamid , sistnevnte er knyttet til dihydrolipoamid S- acetyltransferase (E2).

Tiaminpyrofosfat (TPP)		Lipoamid

Mekanismen for denne reaksjonen kan skjematiseres som følger:

Formen på resonans ylidet av tiaminpyrofosfat (TPP) begynner ved å angripe den ketonet elektro av pyruvat . Den β-alkoholatet mellomliggende deretter decarboxylates inn i en enol deprotonert på det karbonatom for å danne en 1,3-dipol stabilisert med et positivt ladet nitrogenatom i den tiamin heterosyklus . Denne dipol er 1,3 acetylert ved den lipoamid bundet til en rest lysin av den dihydrolipoamid S-acetyltransferase (E2).

TPP aktiveres på pyruvatdehydrogenase ved kovalent binding til en glutamatrest ( Glu-59 hos mennesker) ved å påføre en V-konformasjon der N4 '-atomet i aminopyrimidinringen - samme syklus som for cytosin - etablerer en intramolekylær hydrogenbro med C2-atomet i tiazolgruppen .

Merknader og referanser

1. (en) EM Ciszak et al . "  Strukturelt grunnlag for flip-flop-handling av tiaminpyrofosfatavhengige enzymer avslørt av human pyruvatdehydrogenase  " i J. Biol. Chem. , 2002, 278, 21240-21246. DOI : 10.1074 / jbc.M300339200 PMID 12651851
2. Verdiene for massen og antall rester som er angitt her er verdiene til proteinforløperen som skyldes oversettelsen av genet , før posttranslasjonelle modifikasjoner , og kan avvike betydelig fra de tilsvarende verdiene For det funksjonelle proteinet .
3. Den pyruvatdekarboksylase ( EC 4.1.1.1 ) omdanner pyruvat til acetaldehyd for å fremstille etanol ved gjæring .

Relaterte artikler

• α -ketoglutarat dehydrogenase , enzym E1 av α-ketoglutarat dehydrogenase kompleks
• 3-metyl-2-oksobutanoat dehydrogenase , enzym E1 av 3-metyl-2-oksobutanoat dehydrogenase kompleks